[BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい

[FUKUI Toshifumi]

福井です。

片山さん、西山さん、お世話になります。

例えば、NCBIから取得した、
VERSION     NM_178136.1  GI:30089918
というファイルで、そうなります。
ちなみに、Entrezで表示させて、「all to file」を選択して「send」のボタ
ンを押しただけの状態なので、僕が加工したファイルというわけでもありませ
ん。

余分な空行ということは、改行コードかなぁ、、、。
ちょっと調べてみます。

At Mon, 28 Feb 2005 15:26:01 +0900 (JST),
Tomoaki NISHIYAMA wrote:
> 
> 基生研の西山です。
> 
> 下のような現象は、余分な空行があるファイルで見ることがあります。
> 福井さんの方では、余分な空行がないかを確認してみては如何でしょうか。
> 
> biorubyの方では、余分な空行があってもうまく処理できるよう
> になるとより良いと思います。
> 
> -- 
> Tomoaki Nishiyama
>   e-mail:tomoaki ＠ nibb.ac.jp
> National Institute for Basic Biology
> 
> 
> From: Toshiaki Katayama <ktym ＠ hgc.jp>
> Subject: Re: [BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい
> Date: Mon, 28 Feb 2005 14:49:25 +0900
> Message-ID: <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8 ＠ hgc.jp>
> 
> ktym> 福井さん
> ktym> 
> ktym> 手元で少し試してみた限りではエラーにならないのですが、
> ktym> 最近は全 GenBank にかけてみるといったテストをしていないので、
> ktym> フォーマットの変更など対応漏れがある可能性はあります。
> ktym> 
> ktym> エラーの出るエントリを教えて（or 送って）頂けないでしょうか？
> ktym> 
> ktym> よろしくお願いします。
> ktym> 
> ktym> 片山
> ktym> 
> ktym> On 2005/02/28, at 13:35, FUKUI Toshifumi wrote:
> ktym> 
> ktym> > 福井と申します。
> ktym> >
> ktym> > http://bioruby.org/wiki/Japanese/?Tutorial.rd.ja
> ktym> > の「GenBank のパース (Bio::GenBank クラス)」の
> ktym> >> 次に、GenBank の複雑な FEATURES の中もパースして、遺伝子ごとの塩基配列と
> ktym> >> アミノ酸配列を取り出してみます。
> ktym> > の例に従って、GenBank形式のファイルを読み込もうとしています。
> ktym> >
> ktym> > この例をそのままcopy & pasteした上で、NCBIから取ってきたGenBank形式の
> ktym> > ファイルを読み込ませてみると、
> ktym> >
> ktym> > /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb:58:in `accession':
> ktym> > private
> ktym> > method `split' called for nil:NilClass (NoMethodError)
> ktym> >         from ./gb.rb:11
> ktym> >         from ./gb.rb:8:in `each_entry'
> ktym> >         from ./gb.rb:8
> ktym> >
> ktym> > のようなエラーが出ます。
> ktym> > # gb.rbというのが、とりあえずcopy & pasteして作ったファイルの名前です。
> ktym> >
> ktym> > とりあえず、/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb を見て
> ktym> > はみたのですが、何がどういけないのか見当が付きません。
> ktym> > すみません、どう対処すべきでしょうか？どなたか、ヒントだけでも教えてくだ
> ktym> > さい。
> ktym> >
> ktym> > ちなみに、
> ktym> > % ruby -v
> ktym> > ruby 1.8.2 (2004-12-25) [i386-cygwin]
> ktym> > という環境で、bioruby-0.6.2をインストールしています。
> ktym> >
> ktym> > -- 
> ktym> > fukui
> ktym>