[BioRuby-ja] Re: マルチファスタの取り扱いで質問2点

[GOTO Naohisa]

On Sun, 24 Apr 2005 03:04:06 +0900
Toshiaki Katayama <ktym ＠ hgc.jp> wrote:

> マルチファスタのクエリー自体は投げられるようですが、
> 結果を受け取るところでマルチを想定していないですね。
> 
> bio/appl/blast.rb:
>      def parse_result(data)
>        Report.new(data, @parser)
>      end
> 
> ここを Bio::FlatFile がやっているような感じに直せば
> いいような気がしますが、どうでしょうね。＞後藤さん？

BLASTのデフォルトフォーマットはBio::FlatFile対応なので、むしろ
Bio::FlatFile に処理を丸投げするほうがよいと思います。
ただし XMLや -m 8 (タブ区切り) は今のところ Bio::FlatFile未対応
なので厄介です。対応予定はありますが予定は未定です。

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後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学 微生物病研究所 遺伝情報実験センター
         ゲノム情報解析分野 (安永研究室)