[BioRuby-ja] parse bl2seq output

[Tomoaki NISHIYAMA]

biorubyの開発者の皆様

bl2seqの出力をパースするプログラムが見つからなかったので、
format0.rbをもとに、parserを、
blast.rbをもとにbl2seqを呼び出すプログラムを
作ってみました。

とりあえず、動くようになったという段階で
まだあまりきれいにはしていませんが、
興味を持っていただけるようでしたらお出ししたいと思います。
何らかの形で取り込んでいただけたらうれしいです。

format0はobsoleteにする方針なのかなとも思ったのですが、
bl2seqにはtraditionalとtabularしか出力形式がないようなので
format0を改造することで読み込むことにしました。

また、実装として、データの受け渡しで、二つのファイルを渡すので、
/dev/fdを使ったので、やや可搬性が低い(unix only?)のではと
危惧するところもあるのですが、だからといって、temporary fileを
二つ作るのも美しくない(他のプロセスと干渉しやすくなる)ので迷うところです。
-- 
西山智明

金沢大学
学際科学実験センター
ゲノム機能解析分野
(4月に基生研から移りました)