[BioRuby-ja] SwissProt,Trembleのフォーマット変更
UEHARA Keizou
uehara @ cbo.mss.co.jp
2004年 7月 19日 (月) 22:14:23 EDT
BioRubyの皆様、いつもお世話になっております。
上原慶三と申します。
7月11日のftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/knowledgebase/uniprot_sprot.dat.gzをBioRubyでパースしたところ、
Invalid format in R lines,[RG INTERNATIONAL PSEUDOMONAS AERUGINOSA TYPING STUDY GROUP;]
/.../lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl.rb:184:in `ref'
/.../lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl.rb:180:in `each'
/.../lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl.rb:180:in `ref'
/.../lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl.rb:176:in `each'
/.../lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl.rb:176:in `ref'
のようなエラーが発生しました。
SwissProtのフォーマットが変更されたようです。
CVSをのぞいた限りではまだ対応されていないようです。
こちらでembl.rbを変更して対応しましたが、もしよろしければ正式に対応していただけないでしょうか。
お忙しいところ申し訳ありませんが、よろしくお願いします。
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