<div dir="ltr"><p dir="auto"><em>Having trouble viewing this email or looking for a permalink? <a href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-10.md">View this newsletter in your browser</a>.</em></p>
<p dir="auto"><em>This email was sent to the <a href="https://groups.google.com/g/bosc-announce" rel="nofollow">bosc-announce</a> and <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/open-bio-l/" rel="nofollow">open-bio-l</a> mailing lists.</em></p>
<div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h1 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">OBF Newsletter November 2025</h1><a id="gmail-user-content-obf-newsletter-november-2025" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: OBF Newsletter November 2025" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#obf-newsletter-november-2025"></a></div><p dir="auto">TL;DR: Recapping BOSC 2025, preparing for GSoC 2026, OBF Event awards, new website, and community news!</p>
<p dir="auto">In longer form:</p>
<div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h2 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">OBF News</h2><a id="gmail-user-content-obf-news" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: OBF News" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#obf-news"></a></div><div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h3 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">BOSC news</h3><a id="gmail-user-content-bosc-news" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: BOSC news" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#bosc-news"></a></div><div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h4 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">BOSC 2025</h4><a id="gmail-user-content-bosc-2025" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: BOSC 2025" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#bosc-2025"></a></div><p dir="auto">The 2025 edition of our <a href="https://www.open-bio.org/events/bosc-2025/" rel="nofollow">Bioinformatics Open Source Conference</a>
 (July 21-22, 2025 as part of ISMB/ECCB 2025 in Liverpool, UK and 
online) was a great success, attracting at its peak around 280 in-person
 attendees.
Over two days, BOSC included two keynote addresses, a thought-provoking 
panel discussion, and plenty of talks and posters around open science, 
open source, and open data in bioinformatics.
This year, our <a href="https://www.open-bio.org/events/bosc-2025/ismb-collaborationfest-2025/" rel="nofollow">annual CollaborationFest was also part of ISMB/ECCB</a>, with about 60 people participating to contribute to open source projects.</p>
<p dir="auto">The <a href="https://f1000research.com/articles/14-887" rel="nofollow">organising committee wrote a report that is now available on F1000 Research</a>, providing some deeper insights and reflections on BOSC & CollaborationFest.</p>
<p dir="auto">All the videos of the BOSC talks, including the keynotes, have now been released as well. You can <a href="https://www.youtube.com/@OBFBOSC/videos" rel="nofollow">watch them on our YouTube channel</a>
as well as find <a href="https://www.open-bio.org/events/bosc-2025/bosc-2025-schedule/" rel="nofollow">direct links in our BOSC 2025 schedule page</a>.</p>
<div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h4 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">BOSC 2026: Save the date</h4><a id="gmail-user-content-bosc-2026-save-the-date" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: BOSC 2026: Save the date" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#bosc-2026-save-the-date"></a></div><p dir="auto">In
 2026, BOSC will again happen as part of the ISMB conference, taking 
place on two days between 13–16 July 2026 in Washington, DC, USA.</p>
<p dir="auto">To keep up with BOSC news, please follow us on <a href="https://www.linkedin.com/groups/14344023/" rel="nofollow">LinkedIn</a>, <a href="https://bsky.app/profile/bosc.bsky.social" rel="nofollow">Bluesky</a>, <a href="https://genomic.social/@BOSC" rel="nofollow">Mastodon</a>, and <a href="https://join.slack.com/t/obf-bosc/shared_invite/zt-n5ur1gsj-z2C~69_4lYTFPg5tbWA8Ew" rel="nofollow">Slack</a>! (We are no longer on Twitter/X; <a href="https://www.open-bio.org/2023/11/20/leaving-x/" rel="nofollow">find out why</a>.)</p>
<div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h3 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">OBF Event Fellowships</h3><a id="gmail-user-content-obf-event-fellowships" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: OBF Event Fellowships" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#obf-event-fellowships"></a></div><p dir="auto">Our
 event fellowship, which is aimed at increasing diverse participation 
and representation at events promoting open science practices around 
bioinformatics, continues.
So far, we supported 9 people in 2025, including 2 people in attending 
BOSC.</p>
<p dir="auto"><strong>Next deadline: December 1, 2025</strong></p>
<p dir="auto">The current application period for the OBF Event Fellowship lasts until December 1, 2025, so there is still time to <a href="https://forms.gle/vDFTxT3uJwazQdSdA" rel="nofollow">get your application submitted</a>.</p>
<p dir="auto">These fellowships are ideal to support your virtual or 
in-person participation in conferences related to open source 
bioinformatics or open science (in-person or virtual),
and potentially additional expenses such as travel, lodging, childcare 
for the duration of the event, small hardware (e.g. a headset or 
webcam), or high-speed internet.</p>
<p dir="auto">You can read more about <a href="https://www.open-bio.org/2025/10/07/event-fellowship-2025-3/" rel="nofollow">applying for an OBF Event Fellowship on our blog</a>,
where we also share <a href="https://www.open-bio.org/category/travel-fellowship/event-fellowship/" rel="nofollow">the experiences of past awardees</a>.</p>
<div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h3 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">GSoC 2026 Call For Projects & co-admins</h3><a id="gmail-user-content-gsoc-2026-call-for-projects--co-admins" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: GSoC 2026 Call For Projects & co-admins" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#gsoc-2026-call-for-projects--co-admins"></a></div><p dir="auto">The
 OBF is planning to participate in Google Summer of Code (GSoC) 2026 and
 invites community members to contribute project ideas, volunteer as 
mentors, or serve as co-administrators.</p>
<p dir="auto">The official GSoC 2026 timeline has not yet been released.
 Based on previous years, the project submission phase is expected to 
begin in January and conclude in February. For reference, details of 
previous successful OBF projects can be found here: <a href="https://summerofcode.withgoogle.com/programs/2022/organizations/" rel="nofollow">OBF at GSoC 2022</a></p>
<p dir="auto">If you are interested in proposing a project, mentoring, 
or assisting with administration, please send your project ideas or 
expressions of interest to:</p>
<ul dir="auto"><li>Email: <a href="mailto:obf-gsoc-mentors@googlegroups.com">obf-gsoc-mentors@googlegroups.com</a></li><li>Primary Admin: Sarthak Sehgal (<a href="mailto:sarthaksehgal00@gmail.com">sarthaksehgal00@gmail.com</a>)</li></ul>
<div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h3 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">A new OBF website</h3><a id="gmail-user-content-a-new-obf-website" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: A new OBF website" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#a-new-obf-website"></a></div><p dir="auto">Earlier this year, <a href="https://www.open-bio.org/posts/2025-03-04-new-website/" rel="nofollow">the OBF launched a new website</a>.
As part of this move, our website is now also <a href="https://www.open-bio.org/posts/2025-04-02-archiving-obf-posts/" rel="nofollow">archived through the Rogue Scholar</a>,
which ensures that the blog posts will remain part of the long-term scientific record.
It also means that our blog posts now have their own citeable DOI that <a href="https://rogue-scholar.org/search?q=metadata.creators.person_or_org.name%3A%22Open%20Bioinformatics%20Foundation%22&l=list&p=1&s=10&sort=newest" rel="nofollow">you can find on Rogue Scholar</a>!</p>
<div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h2 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">Community updates</h2><a id="gmail-user-content-community-updates" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: Community updates" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#community-updates"></a></div><div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h3 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">Layoffs at GigaScience</h3><a id="gmail-user-content-layoffs-at-gigascience" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: Layoffs at GigaScience" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#layoffs-at-gigascience"></a></div><p dir="auto">The
 journal GigaScience has been a mainstay in the OBF/BOSC space for 15 
years. Beyond being a regular sponsor of BOSCs, the GigaScience team 
have been a steady presence at BOSCs,
from talks and posters to organising birthday parties.
As such, the recent news of GigaScience’s owners, BGI, laying off the 
entire editorial, software and curation team on short notice,
has filled us with both surprise and deep disappointment.</p>
<p dir="auto">The larger OBF/BOSC community <a href="https://www.open-bio.org/2025/09/30/2025-09-30-gigascience/" rel="nofollow">has written a letter to express their concerns and disappointment</a>,
while reflecting on all the achievements.</p>
<p dir="auto">If you would like to sign this letter as well, you <a href="https://github.com/OBF/OBF.github.io/edit/main/content/posts/2025-09-30-gigascience.md">can do so by making a pull request here</a>.</p>
<div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h3 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">openSNP has shut down</h3><a id="gmail-user-content-opensnp-has-shut-down" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: openSNP has shut down" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#opensnp-has-shut-down"></a></div><p dir="auto">openSNP,
 the open-source/data platform that allowed donating human genotyping 
data from 23andMe et al. into the public domain, has shut down in April 
after operating for 14 years.
The team decided to take this step over concerns how the current 
political forces in the USA could abuse such an open data resource.
openSNP co-founder (and OBF board member) Bastian Greshake Tzovaras <a href="https://tzovar.as/sunsetting-opensnp/" rel="nofollow">wrote about his reflections and the reasoning for shutting down now</a>.</p>
<div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h3 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">FOSDEM26, now with Bioinformatics and Computational biology</h3><a id="gmail-user-content-fosdem26-now-with-bioinformatics-and-computational-biology" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: FOSDEM26, now with Bioinformatics and Computational biology" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#fosdem26-now-with-bioinformatics-and-computational-biology"></a></div><p dir="auto">If
 you are interested in hanging out with Free/Libre/Open 
source/hardware/culture folk in Brussels on 31st Jan - 1st Feb 2026, 
then why not submit a talk about what you develop/do/have experienced 
with open source in bioinformatics for the first ever Bioinformatics and
 Computational biology DevRoom at FOSDEM26.</p>
<p dir="auto">TL;DR: submit a 5,10, or 20 minute talk that is bio/med + 
open source related via FOSDEM pretalx, and remember to select 
‘Bioinformatics and Computational Biology’ from the ‘Track’ field. 
Deadline is 30th November 2025.</p>
<p dir="auto">FOSDEM is (probably) the biggest gathering of open source 
folk - it is a free conference held at Université Libre de Bruxelles 
(ULB) over the first weekend of February. It attracts thousands of 
hackers, open software/hardware enthusiasts, makers, and tech/industry 
people, and like BOSC, has an exceptional culture of inclusivity and 
commitment to diversity.</p>
<p dir="auto">Read the full <a href="https://fosdem-bioinformatics.github.io/cfp.html" rel="nofollow">CFP</a>, and join us over at <a href="https://matrix.to/#/#fosdembioinformatics" rel="nofollow">matrix.org</a> or via email at <a href="https://framagroupes.org/sympa/info/bioinfo-fosdem" rel="nofollow">https://framagroupes.org/sympa/info/bioinfo-fosdem</a></p>
<div class="gmail-markdown-heading" dir="auto"><h2 tabindex="-1" class="gmail-heading-element" dir="auto">Your content needed for the next issue!</h2><a id="gmail-user-content-your-content-needed-for-the-next-issue" class="gmail-anchor" aria-label="Permalink: Your content needed for the next issue!" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2025-11.md#your-content-needed-for-the-next-issue"></a></div>Tell us about the things that catch your attention in the open source bioinformatics world!
If you have an exciting project update, request for feedback, or interesting link,
<a href="https://github.com/OBF/newsletter/issues/46">feel free to share it with us on GitHub</a>,
or contact Bastian Greshake Tzovaras (Mastodon: <a href="https://scholar.social/@gedankenstuecke" rel="nofollow">@gedankenstuecke@scholar.social</a>, Email: <a href="mailto:bgreshake@proton.me">bgreshake@gmail.com</a>)
 if you're not sure whether or not your content is suitable for our 
newsletter. We're looking for content that's primarily open source / 
science related.</div>