<div dir="ltr"><p dir="auto"><em>Having trouble viewing this email or looking for a permalink? <a href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2023-09.md">View this newsletter in your browser</a>.</em></p>
<p dir="auto"><em>This email was sent to the <a href="https://groups.google.com/g/bosc-announce" rel="nofollow">bosc-announce</a> and <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/open-bio-l/" rel="nofollow">open-bio-l</a> mailing lists.</em></p>
<h1 tabindex="-1" id="gmail-user-content-obf-newsletter-october-2023" dir="auto"><a class="gmail-heading-link" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2023-09.md#obf-newsletter-october-2023">OBF Newsletter October 2023</a></h1><p dir="auto">TL;DR:
 In this newsletter we provide a summary of BOSC 2023 in Lyon; share 
news about the OBF event fellowship; and announce an opening for an OBF 
admin for the 2024 Google Summer of Code.</p>
<p dir="auto">In longer form:</p>
<h2 tabindex="-1" id="gmail-user-content-obf-news" dir="auto"><a class="gmail-heading-link" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2023-09.md#obf-news">OBF News</a></h2><h3 tabindex="-1" id="gmail-user-content-upcoming-public-board-meeting" dir="auto"><a class="gmail-heading-link" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2023-09.md#upcoming-public-board-meeting">Upcoming public board meeting</a></h3><p dir="auto">The
 OBF will hold its next public board meeting some time this fall (date 
TBD). When the date is determined, we will announce it on the <a href="https://www.open-bio.org/blog/" rel="nofollow">OBF Blog</a> and in social media, as well as email to OBF members.</p>
<h3 tabindex="-1" id="gmail-user-content-bosc-news" dir="auto"><a class="gmail-heading-link" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2023-09.md#bosc-news">BOSC news</a></h3><p dir="auto">The
 24th annual Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2023) took 
place in July as part of ISMB/ECCB 2023 in Lyon, France, and online. As 
in prior years, BOSC was preceded by a <em>CollaborationFest</em>, a collaborative work event (including but not limited to hacking). This year CoFest was hosted by Jérémy Just at the nearby <em>École Normale Supérieure de Lyon</em>,
 which provided space and infrastructure for the 29 in-person 
participants as well as the numerous online participants. Those two days
 saw intense moments of collaboration and exchange <a href="https://www.open-bio.org/2023/09/29/bosc-collaborationfest-2023-report/" rel="nofollow">around 10 projects submitted by the attendees</a>, and enjoyable breaks for lunches, thanks to funding from the <em><a href="https://www.ixxi.fr/?set_language=en" rel="nofollow">Complex Systems Institute</a></em>.</p>
<p dir="auto">In addition to 43 talks and nearly 50 posters, BOSC itself included two keynotes – by Sara El-Gebali, who spoke about <em>"A New Odyssey: Pioneering the Future of Scientific Progress Through Open Collaboration</em> – and by Joseph Yracheta – who spoke about <em>"The Dissonance between Scientific Altruism & Capitalist Extraction: The Zero Trust and Federated Data Sovereignty Solution”</em>. The conference closed out with a panel on <em>Open & Ethical Data Sharing</em>.</p>
<p dir="auto">You can <a href="https://www.open-bio.org/2023/08/14/bosc-2023-report/" rel="nofollow">read the full report about the conference on the OBF blog</a>.</p>
<p dir="auto">For those who like to plan ahead, BOSC 2024 will take place between July 12-16, 2024, as part of <a href="https://www.iscb.org/ismb2024" rel="nofollow">ISMB 2024</a> in Montréal, Québec, Canada.</p>
<h3 tabindex="-1" id="gmail-user-content-obf-event-fellowships" dir="auto"><a class="gmail-heading-link" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2023-09.md#obf-event-fellowships">OBF Event Fellowships</a></h3><p dir="auto">Next round: December 1, 2023
Last round: August 1, 2023</p>
<p dir="auto">The current application period for the OBF Event Fellowship lasts until December 1, 2023. So there is still some <a href="https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScMayX_XwTLxc8MiYgQOHIILJNjxF0gL75TUsbaO17h5UuUeA/viewform" rel="nofollow">time to get your application submitted</a>.</p>
<p dir="auto">These fellowships can be used to cover registration fees 
for relevant events related to open source bioinformatics or open 
science (in-person or virtual), and potentially additional expenses such
 as travel, lodging, childcare for the duration of the event, small 
hardware (e.g. a headset or webcam), or high-speed internet. You can 
read more about <a href="https://www.open-bio.org/event-awards/#fellowships-applications" rel="nofollow">applying for an OBF Event Fellowship</a>, and <a href="https://www.open-bio.org/category/travel-fellowship/event-fellowship/" rel="nofollow">the experiences of past awardees</a>.</p>
<h3 tabindex="-1" id="gmail-user-content-google-summer-of-code" dir="auto"><a class="gmail-heading-link" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2023-09.md#google-summer-of-code">Google Summer of Code</a></h3><p dir="auto">We
 are looking for a motivated person who would like to volunteer as the 
organisation admin to enable the OBF to participate in the 2024 Google 
Summer of Code, as we have in previous summers. As an organisation we 
have been providing an umbrella project for various open source 
bioinformatics projects – including non-member projects – since 2010. In
 2023 we sat out one round, as we did not find someone with the time to 
volunteer as GSoC admin.</p>
<p dir="auto">If you are interested in filling that role, please get in touch with us via email at <a href="mailto:board@open-bio.org">board@open-bio.org</a>.</p>
<h3 tabindex="-1" id="gmail-user-content-iscbacademy-recording" dir="auto"><a class="gmail-heading-link" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2023-09.md#iscbacademy-recording">ISCBacademy recording</a></h3><p dir="auto">On March 14, 2023, the OBF hosted an <em>ISCBacademy webinar</em> in which Hannah Wei – co-founder of the Patient-Led Research Collaborative – gave a talk on <em>"Re-Thinking the Patient’s Role in a Learning Health System: Lessons from the Patient-Led Research Collaborative"</em>. The <a href="https://www.youtube.com/watch?v=M2vAotWKd_Q&feature=youtu.be" rel="nofollow">recording of the talk is now on YouTube</a>.</p>
<p dir="auto">Our next ISCBacademy webinar on October 3 will be jointly 
sponsored with the Bio-Ontologies COSI. Sierra Moxon will speak about 
"LinkML: an open data modeling framework, grounded with ontologies". 
Free registration at <a href="https://www.iscb.org/iscbacademy" rel="nofollow">https://www.iscb.org/iscbacademy</a>.</p>
<h2 tabindex="-1" id="gmail-user-content-community-updates" dir="auto"><a class="gmail-heading-link" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2023-09.md#community-updates">Community updates</a></h2><h3 tabindex="-1" id="gmail-user-content-save-the-date-cwl-conference-2024" dir="auto"><a class="gmail-heading-link" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2023-09.md#save-the-date-cwl-conference-2024">Save the date: CWL Conference 2024</a></h3><p dir="auto">The
 2024 Common Workflow Language (CWL) Conference will be the week of May 
13th, 2024 in the Netherlands. More details to follow.</p>
<h3 tabindex="-1" id="gmail-user-content-icn3d-received-updates-at-cofest" dir="auto"><a class="gmail-heading-link" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2023-09.md#icn3d-received-updates-at-cofest">iCn3D received updates at CoFest</a></h3><p dir="auto">During CoFest 2023, the <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/" rel="nofollow">iCn3D viewer</a>
 was updated to include two new features: It can now show isoforms and 
exons as tracks and users can also predict structures from sequences 
using ESMFold directly in iCn3D. You can learn more about it <a href="https://github.com/ncbi/icn3d">on the project's GitHub page</a>.</p>
<h2 tabindex="-1" id="gmail-user-content-your-content-needed-for-the-next-issue" dir="auto"><a class="gmail-heading-link" href="https://github.com/OBF/newsletter/blob/master/newsletters/2023-09.md#your-content-needed-for-the-next-issue">Your content needed for the next issue!</a></h2>Tell
 us about the things that catch your attention in the open source 
bioinformatics world! If you have an exciting project update, request 
for feedback, or interesting link, <a href="https://github.com/OBF/newsletter/issues/37">feel free to share it with us on GitHub</a>, or contact Bastian Greshake Tzovaras (Mastodon: <a href="https://scholar.social/@gedankenstuecke" rel="nofollow">@gedankenstuecke@scholar.social</a>, Email: <a href="mailto:bgreshake@gmail.com">bgreshake@gmail.com</a>)
 if you're not sure whether or not your content is suitable for our 
newsletter. We're looking for content that's primarily open source / 
science related.</div>