<div dir="ltr"><div>Migrating sounds like a long-term solution. For now, I'm going to try to get logins working for Biojava and try out the oauth2 plugin. It's not great timing with the release 
today, but I think it had better be done. If I have to switch back to password logins then I'll disable new user accounts temporarily.<br><br></div>-Spencer</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 11, 2016 at 10:30 AM, Peter Cock <span dir="ltr"><<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5">On Fri, Mar 11, 2016 at 5:03 AM, Andreas Prlic <<a href="mailto:andreas@sdsc.edu">andreas@sdsc.edu</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> Jose and I worked on the release today. Everything went well with Maven<br>
> Central, and the code is already available from there.  However it turns out<br>
> that the MediaWiki instance on <a href="http://biojava.org" rel="noreferrer" target="_blank">biojava.org</a> is fundamentally broken and it is<br>
> almost impossible to login (both Google and Yahoo open id login are broken).<br>
> I managed to login just by chance (long story). I am in the process of<br>
> updating the wiki pages. We will finalize and write the announce email<br>
> tomorrow (Friday).<br>
><br>
> The bottom line is, we will need to migrate away from MediaWiki soon, since<br>
> it is not maintainable. I suggest we move to GitHub markdown pages.<br>
> <a href="https://help.github.com/articles/using-a-custom-domain-with-github-pages/" rel="noreferrer" target="_blank">https://help.github.com/articles/using-a-custom-domain-with-github-pages/</a><br>
><br>
> Andreas<br>
<br>
</div></div>Hello Andreas & the BioJava developers,<br>
<br>
I said much of this directly on root-l, but it is worth stating openly as<br>
for any migration more eyes are especially welcome. I have deliberately<br>
CC'd the cross-project open-bio-l mailing list (a public list) plus also<br>
root-l (our closed mailing list for SysAdmin stuff).<br>
<br>
Brian Osborne has been driving the BioPerl Wiki migration to GitHub<br>
pages, using pandoc to migrate to markdown, with a lot of fine tuning:<br>
<br>
<a href="http://bioperl.github.io/" rel="noreferrer" target="_blank">http://bioperl.github.io/</a><br>
<a href="https://github.com/bioperl/bioperl.github.io" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/bioperl/bioperl.github.io</a><br>
<br>
Presumably at some point <a href="http://www.bioperl.org" rel="noreferrer" target="_blank">www.bioperl.org</a> will point there instead, perhaps<br>
after all the non-BioPerl content like file format pages has been moved to<br>
wikipedia or elsewhere - anyone curious can follow up on the BioPerl-l<br>
mailing list.<br>
<br>
Before that I had started looking at migrating MediaWiki to GitHub pages<br>
using pandoc for the markdown conversion while preserving the history:<br>
<br>
<a href="https://github.com/peterjc/mediawiki_to_git_md/" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/peterjc/mediawiki_to_git_md/</a><br>
<br>
There are a few niggles like dealing with categories and sub-folders<br>
messing up the URL mapping, which meant this isn't yet good enough<br>
to use for the <a href="http://www.open-bio.org" rel="noreferrer" target="_blank">www.open-bio.org</a> wiki (most of the BOSC URLs break),<br>
nor for the <a href="http://www.bioperl.org" rel="noreferrer" target="_blank">www.bioperl.org</a> wiki (lots of templates and other advanced<br>
features) but looks more promising for the simpler <a href="http://biopython.org" rel="noreferrer" target="_blank">biopython.org</a> wiki.<br>
<br>
<a href="https://OBF.github.io" rel="noreferrer" target="_blank">https://OBF.github.io</a><br>
<a href="https://github.com/OBF/OBF.github.io" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/OBF/OBF.github.io</a><br>
<br>
<a href="https://biopython.github.io" rel="noreferrer" target="_blank">https://biopython.github.io</a><br>
<a href="https://github.com/biopython/biopython.github.io" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/biopython/biopython.github.io</a><br>
<br>
Once the migration is working nicely preserving functional content,<br>
I plan to copy all the nice styling work from Brian to make the pages<br>
look nice.<br>
<br>
If you would like to try this migration script on the BioJava wiki, please<br>
let me know - You'll need the XML dump from MediaWiki which Andreas<br>
can probably get - if not I could, or another root-l mailing list volunteer.<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
Peter<br>
Biopython developer, OBF secretary, BOSC co-chair, etc.<br>
_______________________________________________<br>
biojava-dev mailing list<br>
<a href="mailto:biojava-dev@mailman.open-bio.org">biojava-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev</a><br>
</blockquote></div><br></div>