<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I&#39;ve been working on a python library for reading, writing, and manipulating glycan structures and glycomics data. One of my collaborators suggested I inquire here if this might be of interest to the Biopython team and if it was not too late to apply for a Google Summer of Code sponsorship.</div><div><br></div><div>The library can currently do the following:</div><div><ol><li>Read and write GlycoCT Condensed format carbohydrate structures that are concrete (having no variable or undefined structures)</li><li>Read GlycoCTXML format carbohydrate structures that are concrete</li><li>Manipulate the tree structure, adding and removing monosaccharide and substituent nodes, as well as altering existing nodes. </li><li>Calculate elemental compositions for glycan structures</li><li>Create arbitrary chemical derivitizations (e.g. permethylation) of glycan structures</li><li>Generate B, C, Y, and Z fragments from structures as observed when analyzing a structure with tandem mass spectrometry.</li><li>Make API calls against GlycomeDB to download structures and annotations on the fly</li><li>Perform sub-tree inclusion and maximum common substructure searches with fuzzy matching.</li><li>Plot glycan structures using the Consortium for Functional Glycomics symbol nomenclature with matplotlib.</li><li>Perform error tolerance name inference on monosaccharides</li></ol><div>I am currently working on adding support for A and X cross-ring fragment generation and adding other serialization formats such as IUPAC and GlycoMinds Linear Codes.</div></div><div><br></div><div>Currently, all of the features are implemented purely in Python.</div><div><br></div><div>What other information, if any, can I provide?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>Joshua Klein</div></div>