<div dir="ltr"><div>Thanks for the update!</div><div><br></div><div>> Then the fun starts. Any suggestions for new features?</div><div><br></div><div>Nothing particularly fancy. What I was primarily interested in was an option for seqret to not include the genome sequence in gff output.</div><div>But overall, and maybe this is too much, I would've loved for the emboss tools to be more in the unix filter style. Like if I could just</div><div><br></div><div>  samtools faidx gene | transeq ...</div><div><br></div><div>to get a translation, etc.</div><div><br></div><div>many thanks and regards</div><div>Afif<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jun 21, 2022 at 3:21 PM Peter Rice <<a href="mailto:ricepeterm@yahoo.co.uk">ricepeterm@yahoo.co.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Afif,<br>
<br>
Yes... it is in progress. My hopes to recover the CVS server (and all <br>
the individual commits) came to nothing - there was no useable backup.<br>
<br>
However, we do have all the old releases since the very early days, So I <br>
have been putting them on to github. That will give us a record of every <br>
release and a summary of all the changes made.<br>
<br>
Almost there, but I have to keep up with my tranSMART development tasks <br>
too. However, the tranSMART beta release went out today, so I will soon <br>
have thew final rel;ease done and some free time to catch right up to <br>
the last EMBOSS release.<br>
<br>
Then the fun starts. Any suggestions for new features? I can start with <br>
removing anything too far out of date (including some of the extra data <br>
resources we added 10 years ago) and updating the external libraries.<br>
<br>
The github repository is at <a href="https://github.com/oryzabioinformatics" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/oryzabioinformatics</a> (but <br>
wait for the 6.6.0 branch to appear - it is up to 6.4.0 so far, so <br>
nearly there)<br>
<br>
regards,<br>
<br>
Peter Rice<br>
<br>
On 21/06/2022 22:23, Afif Elghraoui wrote:<br>
> Hello,<br>
> I saw an old message on the -dev list that there was some migration to <br>
> github in progress:<br>
> <a href="https://mailman.open-bio.org/pipermail/emboss-dev/2018-January/001502.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/pipermail/emboss-dev/2018-January/001502.html</a> <br>
> <<a href="https://mailman.open-bio.org/pipermail/emboss-dev/2018-January/001502.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/pipermail/emboss-dev/2018-January/001502.html</a>> <br>
> <br>
> <br>
> Did anything ever happen with that?<br>
> <br>
> thanks<br>
> Afif<br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> EMBOSS mailing list<br>
> <a href="mailto:EMBOSS@mailman.open-bio.org" target="_blank">EMBOSS@mailman.open-bio.org</a><br>
> <a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/emboss" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/emboss</a><br>
<br>
-- <br>
This email has been checked for viruses by AVG.<br>
<a href="https://www.avg.com" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.avg.com</a><br>
<br>
</blockquote></div>