<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Dear EMBOSS users,</div><div><br></div><div>I recently discovered EMBOSS' needle and stretcher tools at <br><a href="https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/nucleotide.html">https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/nucleotide.html</a></div><div>and</div><div><a href="https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_stretcher/nucleotide.html">https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_stretcher/nucleotide.html</a><br></div><div>respectively.</div><div><br></div><div>I seek your technical help / advice about using needle / stretcher for my purposes, explained briefly below:</div><div><br></div><div>Context:</div><div><ul><li>I want to search with FASTA formatted DNA sequence queries that are <= 100nt in length,<br></li><li>against FASTA formatted genomic DNA sequence,<br></li><li>for global end-to-end matches  (using Needleman Wunsch type global search, not Smith Waterman type local matching)<br></li><li>but allowing >= 80% identity and >= 80% of query length coverage<br></li></ul></div><div><br></div><div>Is that possible with EMBOSS? If yes, what would be the appropriate run parameters? I looked at <a href="http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.6/emboss/apps/needle.html">http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.6/emboss/apps/needle.html</a>, but wasn't sure if there are run flags equivalent to blastN's -perc_identity 0.8 -qcov_hsp_perc 0.8, which is what I am trying to do. Could you please help?</div><div><br></div><div>If it is not possible with EMBOSS suite tools, could you please suggest any alternative tool and appropriate run parameters for it?</div><div><br></div><div>Thanks a lot,<br></div><div>Anand</div><div><br></div></div></div></div></div></div></div>