<div dir="ltr">Thank you, Malcolm. Those are nifty tricks I was not aware of...<div><br></div><div>And thank you, as well, Peter.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Anand</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed, Nov 28, 2018 at 1:35 PM Cook, Malcolm <<a href="mailto:MEC@stowers.org">MEC@stowers.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">And, if you have Gnu Parallel installed, use it to run the command 5 times (remove the --dry to actually run the commands)<br>
<br>
$ parallel --dry shuffleseq input.fasta output{}.fasta :::: <(seq 5)<br>
shuffleseq input.fasta output1.fasta<br>
shuffleseq input.fasta output2.fasta<br>
shuffleseq input.fasta output3.fasta<br>
shuffleseq input.fasta output4.fasta<br>
shuffleseq input.fasta output5.fasta<br>
<br>
<br>
or use  xargs (remove the 'echo' to run the command):<br>
<br>
$seq 5 | xargs -i echo shuffleseq input.fasta output{}.fasta <br>
shuffleseq input.fasta output1.fasta<br>
shuffleseq input.fasta output2.fasta<br>
shuffleseq input.fasta output3.fasta<br>
shuffleseq input.fasta output4.fasta<br>
shuffleseq input.fasta output5.fasta<br>
<br>
<br>
<br>
 > -----Original Message-----<br>
 > From: EMBOSS <emboss-bounces+mec=stowers.org@mailman.open-<br>
 > <a href="http://bio.org" rel="noreferrer" target="_blank">bio.org</a>> On Behalf Of Peter Rice<br>
 > Sent: Wednesday, November 28, 2018 2:59 AM<br>
 > To: Anandkumar Surendrarao <<a href="mailto:aksrao@ucdavis.edu" target="_blank">aksrao@ucdavis.edu</a>>;<br>
 > <a href="mailto:emboss@mailman.open-bio.org" target="_blank">emboss@mailman.open-bio.org</a><br>
 > Subject: Re: [EMBOSS] shufflseq output redirection for multiple shuffles<br>
 > <br>
 > **CAUTION: Non-Stowers email**<br>
 > <br>
 > <br>
 > Hi Anand,<br>
 > <br>
 > You can run shuffleseq 5 times, with one shuffle (the default) and give<br>
 > a different output filename each time.<br>
 > <br>
 > shuffleseq input.fasta output1.fasta<br>
 > <br>
 > and so on...<br>
 > <br>
 > Hope that helps<br>
 > <br>
 > Peter Rice<br>
 > EMBOSS Team<br>
 > <br>
 > On 28/11/2018 03:57, Anandkumar Surendrarao wrote:<br>
 > > Greetings!<br>
 > ><br>
 > > If I have a multifasta file - lets say input.fasta with 5 chromosomal<br>
 > > sequences,<br>
 > > and I want to shuffle the entire genome 5 times,<br>
 > ><br>
 > > how can I redirect each of the 5 shuffled genomes to a<br>
 > > different filename - output1.fasta, ... output5.fasta?<br>
 > ><br>
 > > Currently, my syntax redirects all 5 shuffled versions to the same<br>
 > > output filename, which is not optimal. Any suggestions?<br>
 > ><br>
 > > Thanks a bunch.<br>
 > ><br>
 > > - Anand<br>
 > > _____<br>
 > > *Anandk*umar *S*urendra*rao*, PhD<br>
 > > +1.530.574.5134<br>
 > > +91.91760.70887<br>
 > ><br>
 > ><br>
 > ><br>
 > > _______________________________________________<br>
 > > EMBOSS mailing list<br>
 > > <a href="mailto:EMBOSS@mailman.open-bio.org" target="_blank">EMBOSS@mailman.open-bio.org</a><br>
 > > <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/emboss" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/emboss</a><br>
 > ><br>
 > <br>
 > ---<br>
 > This email has been checked for viruses by AVG.<br>
 > <a href="https://www.avg.com" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.avg.com</a><br>
 > <br>
 > _______________________________________________<br>
 > EMBOSS mailing list<br>
 > <a href="mailto:EMBOSS@mailman.open-bio.org" target="_blank">EMBOSS@mailman.open-bio.org</a><br>
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</blockquote></div>