<div dir="ltr"><div dir="ltr">Greetings!<div><br></div><div>I am new to EMBOSS, and trying to use shufflseq to randomly shuffle entire genomes (one-by-one). My input genomic sequences are in multifasta format. And I wish to retain the same multifasta format for the output file as well, containing the shuffled DNA sequences.</div><div><br></div><div>From the information at <a href="http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/shuffleseq.html" target="_blank">http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/shuffleseq.html</a>, it appears to me that FASTA format for neither input not output is supported. Am I mistaken?</div><div>OR </div><div>Is there a way to specify (multi)FASTA as both input and output formats?</div><div><br></div><div>In one run that I completed with a genome assembly with 5 chromosmes - Chr1 ... Chr5, the syntax I used was:</div><div>shuffleseq -sequence Athaliana_167_TAIR9.fa.shIDscleaned-up -outseq Athaliana_167_TAIR9_EmbossShuffled.fas<br></div><div><br></div><div>Strangely, in the output file, the fasta headers were all repetitive Chr1.</div><div>Hence my confusion. Could someone please clarify what my input formatting should be and the correct syntax?</div><div><br></div><div>Thanks, in advance, for your help.</div><div><br></div><div>Sincerely,</div><div>Anand</div><div><span style="font-size:x-small;color:rgb(80,0,80)">_____</span><br></div><div><div dir="auto" style="color:rgb(80,0,80)"><div><font size="1"><b><font color="#0000ff">Anand</font><font color="#ff0000">k</font></b>umar <b><font color="#ff0000">S</font></b>urendra<b><font color="#0000ff">rao</font></b>, PhD</font></div><div><font size="1">+<span class="gmail-m_1109981565332667423gmail-m_-7661915029259484461m_3845117743369242472m_3363589541358224795m_-5500213434275991155m_-5826735817682081855m_-5555007117638994179gmail-m_5270586765949642194m_-81336084807813648gmail-m_-877531905854491921gmail-m_2303172887447358044gmail-m_3642306687170081545gmail-il"><span class="gmail-m_1109981565332667423gmail-m_-7661915029259484461m_3845117743369242472m_3363589541358224795m_-5500213434275991155m_-5826735817682081855m_-5555007117638994179gmail-m_5270586765949642194m_-81336084807813648gmail-m_-877531905854491921gmail-il"><span class="gmail-m_1109981565332667423gmail-il">1.530</span></span></span>.<span class="gmail-m_1109981565332667423gmail-m_-7661915029259484461m_3845117743369242472m_3363589541358224795m_-5500213434275991155m_-5826735817682081855m_-5555007117638994179gmail-m_5270586765949642194m_-81336084807813648gmail-m_-877531905854491921gmail-m_2303172887447358044gmail-m_3642306687170081545gmail-il"><span class="gmail-m_1109981565332667423gmail-m_-7661915029259484461m_3845117743369242472m_3363589541358224795m_-5500213434275991155m_-5826735817682081855m_-5555007117638994179gmail-m_5270586765949642194m_-81336084807813648gmail-m_-877531905854491921gmail-il"><span class="gmail-m_1109981565332667423gmail-il">574.5134</span></span></span></font></div><div><font size="1">+91.91760.70887</font></div></div></div></div></div>