<div dir="ltr">Hello Luke,<div><br></div><div>It has been some time since I looked at the tables in BioSQL, but just to be clear - you are not using the Biopthon BioSQL wrapper, are you?</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/biopython/biopython/tree/master/BioSQL/">https://github.com/biopython/biopython/tree/master/BioSQL/</a><br></div><div><br></div><div>Peter</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Aug 3, 2020 at 2:36 AM Luke Swaby <<a href="mailto:lukeswabypetts@gmail.com">lukeswabypetts@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Hello</span><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">I’m currently writing a load of Python scripts to interact with a slightly modified version of your BioSQL database (pretty much identical, with an additional table for metadata), and am having a lot of trouble working out how to implement record versioning in it.</span><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Comments in the schema—and the version field in the bioentry table—suggest a particular method of doing this was in mind when the schema was written, but I can’t find any documentation on how this is to be done.<span> </span></span><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">In sum, I need it to be able to hold multiple versions of the same record in the same table, and a means of accessing (ideally by default) only the latest version of each record when it is requested. It would ideally also automatically add a new version of a record whenever any change is made to it, either internally by direct MySQL queries or externally by ingestion of newly modified .gb/.csv files. I’ve thought of numerous ways of doing this, including creating a new table which points to the unique bioentry_id/metadata_id of the latest version of each record, but am very stuck on how to do this.</span><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Do you have any suggestions? I’m sure there is a relatively basic answer that I am totally missing, but I’m pressed for time now and am finding nothing anywhere!</span><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Very much appreciated if so</span><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Luke</span><br></div>
_______________________________________________<br>
BioSQL-l mailing list<br>
<a href="mailto:BioSQL-l@mailman.open-bio.org" target="_blank">BioSQL-l@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biosql-l" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biosql-l</a></blockquote></div>