<div dir="ltr">Hi Peter,<div><br></div><div>Thanks for your speedy reply! You helped me realize I didn't change directory and had assumed creating Biosql made it an empty file. </div><div><br></div><div>Cheers, </div><div>Amihan</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Jun 14, 2020 at 11:28 AM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div dir="auto">Oh good.</div></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Peter</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">PS Do you want to reply to the Mailing list?</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, 13 Jun 2020 at 22:26, Amihan Camson <<a href="mailto:acamson@hawaii.edu" target="_blank">acamson@hawaii.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello Peter, <div><br></div><div>Thank you for your quick reply. I'm just an idiot. Didn't change directory. I assumed creating biosql made it an empty file.</div><div><br></div><div>Thanks again!</div></div><div dir="ltr"><div><br></div><div>Amihan </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Jun 13, 2020 at 1:59 AM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hello Amihan,</div><div><br></div><div>Apologies if I have pitched my answer at the wrong level. The error is probably about the missing SQL file, but it could be failing to find the mysql command.</div><div><br></div><div>So first, is mysql installed properly? Try running it and asking the version:</div><div><br></div><div>$ mysql -V</div><div><br></div>Next, does the biosqldb-mysql.sql file exist in the current directory where the terminal is running?<div><br></div><div>i.e. Try:</div><div><br></div><div>$ pwd</div><div>$ ls biosqldb-mysql.sql</div><div><br></div><div>You might find the terminal starts in your home directory, but the file is in a Downloads subdirectory?</div><div><br></div><div>Peter</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jun 12, 2020 at 9:16 PM Amihan Camson <<a href="mailto:acamson@hawaii.edu" target="_blank">acamson@hawaii.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>I am having trouble accessing BioSQL. I am using PUTTY as a terminal with MySQL as my database. I am having trouble accessing BioSQL from my terminal even though I have unzipped the downloaded file on my computer. Do you have any suggestions on what to do? When I type "mysql -u root -p biosqldb <  biosqldb-mysql.sql" into my terminal it returns an error: file or directory does not exist. But I can open it manually on my laptop.</div><div><br></div><div>Thank you for your time.</div><div><br></div><div>Best regards, </div><div>Amihan</div></div>
_______________________________________________<br>
BioSQL-l mailing list<br>
<a href="mailto:BioSQL-l@mailman.open-bio.org" target="_blank">BioSQL-l@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biosql-l" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biosql-l</a></blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div>