[BioRuby-ja] color_pathway_by_objects で色分けしたい

[Toshiaki Katayama]

妙本様

BioRuby というより KEGG API の使い方の話なのですが、
どっちも開発者なので分かる範囲でお答えしておきます。

On 2007/10/30, at 16:35, myomoto akira wrote:

> 東レ株式会社の妙本です。
>
>
> color_pathway_by_objectsを使ったpathwayの色分けにおいて、
> 1つのEC番号に2つ以上のentryがある場合、どちらが優先されま
> すか？

どちらかはちょっと覚えていないのですが、サーバの実装に依存しているだけで、
意味のある順番ではないです。

解決方法としては、ちょっと面倒なのですが color_pathway_by_objects の代わりに

http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual_ja.html#label:78

あたりにある color_pathway_by_elements を使って箱の番号で色をつけてもらう
ことになります。

それぞれの箱の番号と遺伝子の対応表はあらかじめ get_elements_by_pathway で
取得しておかないといけないので、使いやすくはありませんね。ごめんなさい。^^;

改善案の一つは、先日の第７回オープンバイオ研究会でちょっとお披露目した
パスウェイの着せ替えラベル機能なのですがまだ開発中ですー。

片山



> 具体的には
> path:hsa00380のEC1.14.14.1にhsa:1543とhsa:11283が対応
> する中で、hsa:11283の色を優先して表示したいと思っています。
> 良い方法があればご教授下さい。
>
> 次のスクリプトは同じ結果になってしまいます。
> require 'bio'
> serv = Bio::KEGG::API.new
> obj_list = ['hsa:11283','hsa:1543']
> fg_list  = ['green','black']
>  bg_list  = ['blue','red']
> url = serv.color_pathway_by_objects('path:hsa00380',obj_list,fg_list,bg_list)
> serv.save_image(url, "out1.gif")
>
> obj_list = ['hsa:1543','hsa:11283']
>  fg_list  = ['black','green']
>   bg_list  = ['red','blue']
>  url = serv.color_pathway_by_objects('path:hsa00380',obj_list,fg_list,bg_list)
>  serv.save_image(url, "out2.gif")
>
> よろしくお願いします。 
>
>
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