[BioRuby-ja] Fwd: Bio::Alignment::EnumerableExtension#consensus

[遠藤大二]

---------- Forwarded message ----------
From: 遠藤大二 <dendoh ＠ rakuno.ac.jp>
Date: 2007/07/26 16:05
Subject: Bio::Alignment::EnumerableExtension#consensus
To: biorubyメーリングリスト <bioruby-ja ＠ lists.open-bio.org>


遠藤です　何度もすみません。MultipleFastaFormatのファイルをMafftで解析することも出来ました。
それから、rdocを見て自助努力をしまして、MultiFastaFormatのオブジェクトにするところまでは出来ました。

ただ、MultiFastaFormatからEnumerableExtensionモジュールを使ってconsensus
sequenceを作成することが出来ません。下記のコードに対して修正コメントいただけないでしょうか。

data=File.read('multifasta.fasta')
ffa=Bio::Alignment::MultipleFastaFormat.new(data)

ffconsensus=Bio::Alignment::EnumerableExtension.consensus_string(ffa)

よろしくお願いします。


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酪農学園大学　獣医学部　放射線学教室
遠藤大二
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