[BioRuby-ja] Bio::DASからGFFへの出力

[Hideya KAWAJI]

かわじです

たびたびすみません。

また添付に失敗しているといけないので、
httpでアクセスできるところに置きました。

  http://kawaji.unza.org/misc/060507-bioruby-gff.patch

よろしくお願いいたします。


On 5/8/06, Hideya KAWAJI <kawaji ＠ unza.org> wrote:
> かわじです
>
> On 5/8/06, Mitsuteru Nakao <n ＠ bioruby.org> wrote:
> ...snip
> > パッチが添付されてませんでしたので再送付お願いします．
>
> すみません。zipしたものを再添付します。
>
> # 僕の環境では、ちゃんと添付されている
> # みたいなのですが... gmailがおかしい？
>
> > > Bio::DASを使うことで、DASサーバから
> > > featureを入手することはできたのですが、
> > > これらをGFFとして出力するメソッドが見当たりませんでした。
> > >
> > > そこで、
> > >
> > > 1. Bio::DAS::FEATUREなオブジェクトを
> > >    Bio::GFF::Recordなオブジェクトへ変換
> > >
> > > 2. Bio::GFF:Recordなオブジェクトから、
> > >    GFFな一行を生成
> > >
> > > するメソッドを追加するパッチを作成してみました(添付)
> > >
> > > 例えば、こんな感じの操作が可能になります。
> > >
> > > bioruby> das=Bio::DAS.new("http://www.wormbase.org:80/db/")
> > > bioruby> seg = Bio::DAS::SEGMENT.region('II', 3000, 4000)
> > > bioruby> f = das.get_features("elegans",seg)
> > > bioruby> puts f.segments[0].features[0].to_gff_record.gff_string
> > > II      Coding_transcript       intron  3037    3405
> > > Transcript 2L52.1/1639138;
> > >
> > > が、なにぶんこれが正しいのかどうかよくわかりません。
> > > もし、より適切な解があれば、教えていただければ幸いです。
> >
> >
> > -
> > なかおみつてる
> > n ＠ bioruby.org
> >
>
>
>