[BioRuby-ja] 制限酵素サイトへの対応について

[Mitsuteru Nakao]

川島さん

なかおです．

> ところで、別の質問ですが、biorubyに制限酵素サイトを認識するメソッドはあり
> ますでしょうか？無ければ追加していただく事は可能でしょうか？
> コンストラクト作りを手伝うようなときに、割とよく使うのです。デフォルトで、
> あると便利です。

cvs版には Bio::RestrictionEnzyme というクラスがあり，制限酵素サイトの計算ができるようです．

http://code.open-bio.org/cgi/viewcvs.cgi/bioruby/lib/bio/util/restriction_enzyme.rb?rev=1.4&cvsroot=bioruby&content-type=text/vnd.viewcvs-markup
からの抜粋ですが，使い方は以下のようです．

> # == Basic Usage
> #
> #   # EcoRI cut pattern:
> #   #   G|A A T T C
> #   #    +-------+
> #   #   C T T A A|G
> #   #
> #   # This can also be written as:
> #   #   G^AATTC
> #
> #   require 'bio/restriction_enzyme'
> #   require 'pp'
> #
> #   seq = Bio::Sequence::NA.new('gaattc')
> #   cuts = seq.cut_with_enzyme('EcoRI')
> #   p cuts.primary                        # ["aattc", "g"]
> #   p cuts.complement                     # ["g", "cttaa"]
> #   pp cuts                               # ==>
> #     # [#<struct Bio::RestrictionEnzyme::Analysis::UniqueFragment primary="g    ", complement="cttaa">,
> #     #  #<struct Bio::RestrictionEnzyme::Analysis::UniqueFragment primary="aattc", complement="    g">]

制限酵素の情報はREBASEから持ってきています．

http://code.open-bio.org/cgi/viewcvs.cgi/bioruby/lib/bio/util/restriction_enzyme/enzymes.yaml?rev=1.1&cvsroot=bioruby&content-type=text/vnd.viewcvs-markup


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中尾　光輝
n ＠ bioruby.org