[BioRuby-ja] gc_percentをfloatに

[Itoshi NIKAIDO]

にかいどうです。

On 6/20/06, GOTO Naohisa <ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp> wrote:

>   def gc_content #(仮称)
>     #(略)
>     return gc.to_f / (at + gc).to_f
>   end

これに賛成です。

一応、b-srcで調べてみましたが、調べた中ではすべて float でした。

BioPerl - Bio::Tools::SiRNA
http://b-src.cbrc.jp/markup/bioperl/core/Bio/Tools/SiRNA.pm?q=gc%20percent#l425

GenomeDiagram
http://b-src.cbrc.jp/markup/GenomeDiagram-0.1/GenomeDiagram/GDUtilities.py?q=gc%20content#l125

Steden
http://b-src.cbrc.jp/markup/staden-src-1-5-3/src/prefinish/finish_pcr.c?q=gc%20primer3#l265

Primer3
http://b-src.cbrc.jp/markup/primer3_1.0.0/src/primer3_main.c#l1089

BioJava
http://b-src.cbrc.jp/markup/biojava_all/biojava-live/demos/seq/GCContent.java?q=gc#l32

-- 
Itoshi NIKAIDO, Ph.D.
FF20 8296 ED6F D9E5 7D05  8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2