[BioRuby-ja] 制限酵素サイトへの対応について

[川島 武士]

biorubyメーリングリストの皆様

バークレーの川島武士です。

後藤様
　ver1.0.0に関する対応ありがとうございました。

　ところで、別の質問ですが、biorubyに制限酵素サイトを認識するメソッドはあり
ますでしょうか？無ければ追加していただく事は可能でしょうか？
　コンストラクト作りを手伝うようなときに、割とよく使うのです。デフォルトで、
あると便利です。
　制限酵素認識サイトは、シンメトリックですから簡単なプログラムですが、
　自分で毎回書いていて、認識サイトの書き間違いが無いか心配なのです。
　（なにか手伝える事があったら、お伝えください。よく使う制限酵素と認識サイト
のテーブルとかなら作ります。）


具体的には
　nuc = "atggctgatGGATCCccctgtggtctagatttt"
  などのときに、
　nuc.cut_by_restriction_enzyme(BamHI)  
     => [["atggctgatg", "gatccccctgtggtctagatttt"]["G/GATCC"]]
などのイメージです。
(いや、これだと使いにくいかもしれません。切り口の表現は難しいですね、実際
は、
atggctgatg         ctagcccctgtggtctagatttt
taccgactacgatc         ggggacaccatatctaaaa
なので。）

一番頻繁につかうのは、
　nuc.cut_by_restriction_enzyme(BamHI, XhoI)  　
  => [["atggctgatg"], ["gatccccctgtggt"], ["ctagatttt"]]["G/GATCC", 
"T/CTAGA"]]
  のような使い方だとおもうのですが。
　（BamHIとXhoIに挟まれたサイト"gatccccctgtggt"を切り取ってくる。）

それと、使える制限酵素処理を一覧できるような便利メソッドがあるとありがたいで
す。

  frequent_base_cutter(6)
   =>[
      ["ActII", "Acetobacter aceti", "GACGT/C"] ,
      ["ApoI", "Arthobacter posteurianus", "GGGCC/C"] ,
      ["BamHI", "Bacillys amyloliquefaciens", "G/GATCC"] .
      .....]

  frequent_base_cutter(4)
   =>[
      ["AluI", "Arthobacter luteus", "AG/CT"] ,
      .....]

　rare_base_cutter(6)
   => ["BstMI", "?", "AGT/ACT"]


　　川島武士@UCB&JGI

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