[BioRuby-ja] fastacmd wrapper

[Shuji SHIGENOBU]

こんにちは，重信です．


fastacmd wrapperのクラスに関して，片山さん，西山さんコメントありがとうご
ざいました．

なんだか，メール送信の際スクリプトのインデントが全部除去されて，見にくい
ソースになってしまいました．どうも失礼しました．（Thunderbirdってこうい
う仕様？誰か回避策知ってたら教えて下さい．）


BioRubyに取り込んでいただく件はＯＫです．

先のメールに書いたスクリプトは最小限のものですので，オリジナルのスクリプ
トに西山さんに指摘して頂いたopen3の件を修正し簡単なドキュメントを添えて
後ほどお送りしたいと思います．メソッド名やネームスペースなどはBioRuby流
に変更していただいて構いません．

WU-BLASTのxdgetもfastacmdと同様な機能を持っているプログラムだそうで，片
山さんのコメントにあったHMMERのsfetchもぱっと見た感じ同様もしくはより高
機能なシークエンス取得プログラムのようですね．将来的にはこれらのwrapper
クラスを共通のメソッドで設計するときれいかなと思います．

あと，bioregistryでアクセスできると便利かもしれません．

重信　秀治

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Shuji SHIGENOBU, Ph.D.
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