[BioRuby-ja] Re: マルチファスタの取り扱いで質問2点

[Toshiaki Katayama]

川島様

中尾さんの返答されなかった残りの部分ですが、

On 2005/04/23, at 13:56, takeshi kawashima wrote:
> ２、
> Tutorialにあるbiorubyでblastを書ける例では、一度に一つのqueryを与えていますが、
> 実際のblastは
> blastall -p blastn -d database -i queryfile
> としたとき、queryfileの中身はマルチファスタでもOKですよね？
> biorubyの中で、マルチファスタデータをクエリーにすることはできませんか？

マルチファスタのクエリー自体は投げられるようですが、
結果を受け取るところでマルチを想定していないですね。

bio/appl/blast.rb:
     def parse_result(data)
       Report.new(data, @parser)
     end

ここを Bio::FlatFile がやっているような感じに直せば
いいような気がしますが、どうでしょうね。＞後藤さん？


> ３、
> 最新のbiorubyで、megablastをかけることはできますか？

特に対応していません。
昨日の別のメールに書いたことと重なりますが、かけるのも Ruby から
やれた方が嬉しいということでしょうから検討したいと思います。

結果の方は

% megablast -i eco.nuc -d syn.genome
'gn:syn'=='+eco:b3756' (3325859 860 3325998 998) 12
'gn:syn'=='-eco:b3756' (2452730 998 2452869 860) 12
'gn:syn'=='+eco:b4007' (3325859 860 3325998 999) 13
   :

みたいなフォーマットを適宜パースできるだけでいいでしょうか？
参考までに、よく使われるオプションとかあれば教えてください。

片山