[BioRuby-ja] マルチファスタの取り扱いで質問2点

[takeshi kawashima]

京都大学の川島です。

いつもbioruby使っております。
ところで、次の３点の質問について教えてください。

１、
マルチファスタから任意の配列を、取得する方法を教えてください。
これまで、br-bioflat.rbを重宝していたのですけれど、複数の配列を取得する場合は、
queryname_list_ary.each do |queryname|
  sequence = `bioflat dbname queryname`
end
などとしないとだめなんでしょうか？
最近使うデータ量が多くなるとともに、すごい時間がかかるようになってしまいました。
bioflatにqueryのリストを渡すようなことはできないのでしょうか？

２、
Tutorialにあるbiorubyでblastを書ける例では、一度に一つのqueryを与えていますが、
実際のblastは
blastall -p blastn -d database -i queryfile
としたとき、queryfileの中身はマルチファスタでもOKですよね？
biorubyの中で、マルチファスタデータをクエリーにすることはできませんか？

３、
最新のbiorubyで、megablastをかけることはできますか？

====================================
川島　武士

　　京都大学・大学院理学研究科
　　分子・進化発生生物学研究室
kawashima ＠ develop.zool.kyoto-u.ac.jp
====================================