[BioRuby-ja] サーバからの配列の取得

[Takeshi Honda]

本多といいます。

本日からbiorubyを使い始めた初心者です。
tutorialを見ながら書いてはいるものの、簡単なことにもつまづいてしまうので、
こちらで質問させていただきます。

やりたいことは、NCBIなどのデータベースから、Accession numberを元に、
配列情報をダウンロードすることです。
Tutorialにはgenbankからエントリを取得する例がありましたが、次のスクリプ
トを実行すると、

reg   = Bio::Registry.new(ARGV.shift);
serv  = reg.get_database('genbank');
entry = serv.get_by_id('AA2CG');

次のエラーが出ます。

"ERROR 1 Unknown database [genbank].\n"

これはどうしたらいいのでしょうか？

また、seqdatabase.iniをみると、genbankのlocationは、
http://bioruby.org/cgi-bin/biofetch.rb
となっていますが、
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
からダウンロードするにはどうしたらいいのでしょうか？

よろしくお願いいたします。
-- 
Takeshi Honda <moecho21 ＠ yahoo.co.jp>

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