[BioRuby-ja] SwissProt,Trembleのフォーマット変更

UEHARA Keizou uehara @ cbo.mss.co.jp
2004年 7月 19日 (月) 22:14:23 EDT


 BioRubyの皆様、いつもお世話になっております。
上原慶三と申します。

7月11日のftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/knowledgebase/uniprot_sprot.dat.gzをBioRubyでパースしたところ、

Invalid format in R lines,[RG   INTERNATIONAL PSEUDOMONAS AERUGINOSA TYPING STUDY GROUP;]

/.../lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl.rb:184:in `ref'
/.../lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl.rb:180:in `each'
/.../lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl.rb:180:in `ref'
/.../lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl.rb:176:in `each'
/.../lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl.rb:176:in `ref'

のようなエラーが発生しました。
SwissProtのフォーマットが変更されたようです。
CVSをのぞいた限りではまだ対応されていないようです。
こちらでembl.rbを変更して対応しましたが、もしよろしければ正式に対応していただけないでしょうか。
お忙しいところ申し訳ありませんが、よろしくお願いします。

------------------------------------------------------------
 発信者:上原 慶三  三菱スペースソフトウェア株式会社
 関西事業部 バイオインフォマティクス部 第1技術課課
TEL:(06)4961-8862      661-0001 兵庫県尼崎市塚口本町5-4-36
FAX:(06)4961-8820      E-Mail:uehara @ cbo.mss.co.jp


BioRuby-ja メーリングリストの案内