[BioRuby-ja] bioruby の.naseq メソッド

[KAWASHIMA Shuichi]

川島＠京大化研です。

At Tue, 03 Feb 2004 17:49:24 +0900,
takeshi kawashima wrote:
> しかし、マルチファスタを読み込んで同じことをしようと思い、
> 
> m = Bio::FlatFile.new(Bio::FastaFormat, ARGF)
> m.each_entry do |x|
>   i = 1
>   remainder = x.naseq.window_search(60, 60) do |subseq|
>     puts subseq.to_fasta("segment #{i}", 60)
>     i += 1
>   end
>   puts remainder.to_fasta("segment #{i}", 60)      #####<=ここ
> end
> 
> とすると、ループの最後の　putsの行でエラーがでてしまいます。

試しましたが、動いているようですが?

> remainderがStringクラスだからのようですが、
> うまい回避方法はないでしょうか？
> 今は、
> tmpseq = Bio::Sequence.new("#{remainder}")
> puts tmpseq.to_fasta("segment #{i}", 60)     
> としてます。

NA クラスは、String クラスを継承しているので String クラスで実装されて
いる to_fasta は、NA クラスでも使えるはずですが。

何か別の問題では?

川島