[BioRuby-ja] Ruby Codes for Molecule

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後藤@阪大遺伝情報です。

On Thu, 15 Apr 2004 17:29:07 +0000
Nobuya Tanaka <tanaka ＠ kuicr.kyoto-u.ac.jp> wrote:

> いまのところ、「KCF Compound, KCF Glycan, Molfile, CDX, CDXML,
> Gaussian98 Log, chime xyz, Tinker xyz, Pov-Ray, SWF(Ming/Ruby),
> Postscript」の読み(and/or)書きやTinkerのインターフェース、分子量や結合
> 推定、Gillespieのアルゴリズムを実装しています。

よく知らないファイル形式が多いのでなんとも言えませんが、XML以外の
ファイルの読み込みは、Bio::FlatFileの枠組みを使えば統合できると思います。
ただし、Bio::FlatFileはいったん1エントリーを全部メモリ上に文字列として
読み込むという富豪的な手法を取っているので、xyzのような、ひたすら座標の
数値が書き込まれた巨大なファイルを読み込むのに最適かどうかはわかりません。

ちなみに、ファイルの書き出しに関しては、BioRubyには統一的な枠組みがまだ
存在しません。今回の件とは直接関係ありませんが、私は、ある程度は統一した
枠組みが必要だなあと感じているところです(が、具体案はまだない)。

> > Bio:: でいいのか (Chem:: ?)
> 
> 現在はChem::としていますが、もし取り込んでいただけそうなレベルになったら
> Bio::にしていただければと思います。

他には、Bio::Chem:: にするという手も考えられます。
基本的に中身次第ですが、モノによっては Chem のままの残した方がいい機能も
あるかもしれません。たとえば周期律表や分子量計算など、Bioと関係ない分野
にも応用ができる機能はChemのままでもいいような気が私はします。

> すでにchemのなかではbioを使わせていただいています。BioRubyにpdb.rbが入
> る前には独自にpdb.rbを開発していました。chemからはとてもメリットがある
> のですが、逆はというと。。。

つくっていたんですね...
現 pdb.rb の改善すべき点などありましたら、ぜひ教えてください。

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後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学 遺伝情報実験センター  ゲノム情報解析分野 (安永研究室)
         (理学研究科 生物科学専攻 D3)