<div dir="ltr"><div>We now have Python 3.13 versions on conda-forge as well (needed an extra step I had</div><div>forgotten about), along side Python 3.9, 3.10, 3.11 and 3.12 which where up the same</div><div>day.</div><div><br></div><div>Peter<br></div></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jan 15, 2025 at 3:27 PM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Good news: The Biopython 1.85 release is done (bar the blog post and more formal</div><div>announcement). The updated documentation is live:</div><div><br></div><div><a href="https://biopython.org/docs/1.85/" target="_blank">https://biopython.org/docs/1.85/</a></div><div><br></div><div>This includes pre-compiled wheels for Python 3.13 <br></div><div><br></div><div>Bad news: I couldn't get LaTeX to build the PDF version of the Tutorial as I managed</div><div>for Biopython 1.84 from the Sphinx output. I suspect some package incompatibility,</div><div>but after trying on two machines (one a fresh latex installation, the other the one I</div><div>think I used last time) I gave up. This means there is NO bundled version of the</div><div>Tutorial in the .zip or .tar.gz file this time. It might be worth having a fresh look at the</div><div>PDF options from Sphinx nowadays...<br></div><div></div><div><br></div><div>Peter<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Dec 31, 2024 at 6:55 PM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>The NumPy 2.2 issue is solved, and I hope to merge <a href="https://github.com/biopython/biopython/pull/4901" target="_blank">https://github.com/biopython/biopython/pull/4901</a> but otherwise is there anything worth waiting on?</div><div></div><br><div>Peter<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Dec 18, 2024 at 5:15 PM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hello all,</div><div><br></div><div>My employer (currently University of Strathclyde) will be shut from next week</div><div>for Christmas, so I am hoping to do the Biopython 1.85 then.</div><div><br></div><div>There are a few GenBank issues I want to catch up on, and something breaking</div><div>with the recently released NumPy 2.2 - but otherwise I am not aware of any</div><div>blocking issues. In particular, in my testing Python 3.13 is fine.<br></div><div><br></div><div>Please let us know if there is something I'm overlooking here. Thanks!<br></div><div><br></div><div>Peter</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Sep 17, 2024 at 11:47 AM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Also, I think Biopython 1.85 should be our last release to support Python 3.9 (which we declared deprecated in Biopython 1.84).</div><div><br></div><div>One of the small cosmetic advantages of moving to Python 3.10 onward is more concise type annotation notation, but I'm sure you all have your own favorite new features.<br></div><div><br></div><div>Peter<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Sep 9, 2024 at 12:55 PM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear Biopythoneers,</div><div><br></div><div>We released Biopython 1.84 at the end of June, so three months later which was our typical cadence in the past would put us due for another release at the end of this month.</div><div><br></div><div>There are practical reasons to do this too - <a href="https://peps.python.org/pep-0719/" target="_blank">https://peps.python.org/pep-0719/</a> - Python 3.13 is being released at the start of October, and there is a minor compilation problem with some of our legacy C code (since addressed) which complicates releasing a Biopython 1.84 wheel for Python 3.13. We can in principle release a Python 3.13 compatible release now (compiled against the release candidates ahead of the formal release at the start of October).</div><div><br></div><div>However, as unfortunately has become common, we have a backlog of open issues and open pull requests. Please speak up with any key issues or overlooked pull requests you think need to be addressed for Biopython 1.85, and if you can help review or tests them, even better!</div><div><br></div><div>I'd be happy to help a volunteer do the release itself, although I see now that I didn't finish updating <a href="https://biopython.org/wiki/Building_a_release" target="_blank">https://biopython.org/wiki/Building_a_release</a> alongside doing Biopython 1.84 which changed the way the documentation is built and published. By default, I'll do the Biopython 1.85 release and get that how-to updated.<br></div><div><br></div><div>Thank you all,</div><div><br></div><div>Peter</div><div><br></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>