<div dir="ltr">Hello - <div><br></div><div>May I ask. I want to align two sequences, and return, for the optimal alignment only, the score, number of identities, mismatches, gaps etc.</div><div><br></div><div>I can see that this is possible by using the 'one_alignment_only=True' parameter in the pairwise2 module, however when I load the pairwise2 module, I get the message that this module is deprecated.</div><div><br></div><div>Using Bio.Align, I can see how you can obtain the .score for the best alignment, but not how to obtain the other information I require about the best alignment.</div><div><br></div><div>I don't want to loop through all the possible alignments, as this would be prohibitively time-consuming for me. Also, since the .score of the best alignment can be returned, it makes me think that the best alignment should be saved somewhere and I should be able to see it (even to calculate the gaps, identities and mismatches myself).</div><div><br></div><div>Could someone explain how to go about this, without using the deprecated pairwise2 module?</div><div><br></div><div>Thanks</div><div>Slowat</div></div>