<div dir="ltr"><div>I am working on the release now, forgot I didn't have LaTeX on this machine</div><div>which we still need for a PDF version of the Tutorial (this is the first release</div><div>to use Sphinx and RST for the Tutorial, rather than LaTeX directly).</div><div><br></div><div>Please don't update the master branch until the release is done.<br></div><div><br></div><div>Peter<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jun 26, 2024 at 11:37 AM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I've been working on this (as have Michiel, João,  and others), and still hope to do the release very soon.</div><div><br></div><div>Touch wood the numpy 2.0.0 work is done. Right now I'm fixing a minor regression with the new scipy 1.14.0 release, and hoping there are no more surprises!<br></div><div><br></div><div>Peter<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, May 22, 2024 at 9:39 PM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hello all,</div><div><br></div><div>I would have liked to tackle the release sooner, but things have been busy at work. However, I will be on leave soon and should be able to tackle the Biopython 1.84 in early June.</div><div><br></div><div>That will be about six months worth of changes, including dropping Python 3.8 support and deprecating Python 3.9 support.<br></div><div><br></div><div>It is worth noting this coincides with the release of NumPy 2.0. We have lots of code using NumPy, including C code, which was a major concern as there are C API breakages with NumPy 2.0. However, rather than the full NumPy C API, we're only using the buffer API designed for interoperability, so I believe that does not affect us. What does affect us are changes to the NumPy scalar repr output, which means a lot of the documentation tests in Biopython 1.63 fail. We have addressed those already, and the tests now pass on a recent NumPy v1 and on the v2 release candidate. i.e. I am not aware of any blocking issues relating to NumPy for our next release.</div><div><br></div><div>Are there any outstanding issues which the community feels need to be addressed prior to our release?</div><div><br></div><div>Thanks,<br></div><br><div>Peter<br></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>