<div dir="ltr"><div>Yes. BGZF is just a special kind of GZIP file, if all you are doing is</div><div>decompressing it for reading it then the standard gzip.open(...)</div><div>is fine.</div><div><br></div><div>Peter<br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Mar 13, 2024 at 10:03 AM Dan Bolser <<a href="mailto:dan.bolser@outsee.co.uk">dan.bolser@outsee.co.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">bgzip is a 'bio' thing, so thought I'd ask here. It's perhaps not 'biopython', but it's bio/python.</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, 12 Mar 2024 at 19:11, Sean Brimer <<a href="mailto:skbrimer@gmail.com" target="_blank">skbrimer@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Dan, <br></div><div><br></div><div>This feels more like a panda's issue than a biopython issue. That said, I think you could just use gzip. I think. bgzip for samtools was built on top of gzip so it probably decompresses in a similar way. <br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Mar 12, 2024 at 12:52 PM Dan Bolser <<a href="mailto:dan.bolser@outsee.co.uk" target="_blank">dan.bolser@outsee.co.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I can pass `compression="gzip"` to pandas.DataFrame.to_csv, but not bgzip... how to update pandas to support bgzip?</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks,</div></div>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@biopython.org" target="_blank">Biopython@biopython.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@biopython.org" target="_blank">Biopython@biopython.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div>