<div dir="ltr"><div>Hi Salma,</div><div><br></div><div>Thanks for the explanation and for attaching a code sample. Running your script locally returns 1.801. I don't know what pairs of atoms you are calculating distances for exactly in Pymol, so it's hard to judge what can be happening.</div><div><br></div><div>That said, the ligands in the structure you attached are disordered and each atom has multiple alternate locations. If you show the atoms as spheres in Pymol, they might overlap each other and they're hard to see. Try setting sphere_scale to 0.2 or so and then measure the distances again. Also, when you do structure.get_atoms(), note that the disordered atoms don't get unpacked and there's only one of the alternate locations that is selected. To include all atoms, you have to manually unpack residues like this:</div><div><br></div><div>all_atoms = []</div><div>for res in structure.get_residues():</div><div>    all_atoms.extend(res.get_unpacked_list())</div><div><br></div><div>If I do this in your script I get an average distance of 1.727.</div><div><br></div><div>Does this help with your question?</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>João<br></div></div>