<div dir="ltr"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px">Dear Sir/Madam,</span><br style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px"><br style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px">I hope all is well. I am asking about a problem when analyzing a specific structure using the Bio.PDB module. I am trying to calculate the distance between the manganese atom(Mn) and the surrounding ligands within a 2.4Ă radius (for oxygen-evolving complex OEX) in the photosystem II (PSII) protein complex, then calculate the average distance for all the resulting distances.</span><br style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px">The problem is that the calculated average distance is less than expected, so I checked the distance between MN-Ligands of the OEX complex using PyMol. I found that 90% of the distance calculated in the code is always less than what’s in PyMol.</span><br style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px">For example, if the distance in the code Between MN1 and O1 ( ligand) is 1.75, it is 1.8 in PyMol, and sometimes the variation is wider than just 0.05!</span><br style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px"><br style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px">So, what might cause this variation between PyMol and the code using Bio.PDB and this is not happening for only 1 PDB file; this problem is with 10 different PDB files! </span><br style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px"><br style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px">Any useful insights from you would be appreciated; I am attaching my code for more clarification. Thank you for your time and consideration. I am looking forward to hearing from you soon.</span><br style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px"><br style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px">Warm regards,</span><br style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px">Salma Yehia</span><br><br><br><br><img width="0" height="0" class="mailtrack-img" alt="" style="display:flex" src="https://mailtrack.io/trace/mail/e44d634a26d9e0d2de7011c4bdf74dd57bde7a3a.png?u=10005938"></div>