<div dir="ltr"><div>See also this discussion for proteins:<br></div><div><br></div><div><a href="https://github.com/biopython/biopython/issues/3636">https://github.com/biopython/biopython/issues/3636</a></div><div><br></div><div>Having the code handle RNA or DNA looks very straightforward in comparison (e.g. treating U and u the same as T and t in the C code).<br></div><div><br></div><div>Peter<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Dec 15, 2023 at 10:33 AM Váczy-Földi Máté <<a href="mailto:vaczy.foldi.mate@semmelweis.hu">vaczy.foldi.mate@semmelweis.hu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><u></u>

  
  <div>
    <p>Dear Peter,</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Thank thank you very much for the suggestion! I will go ahead
      with this method.</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Best wishes,</p>
    <p>Máté<br>
    </p>
    <div>2023. 12. 15. 10:16 keltezéssel, Peter
      Cock írta:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div dir="ltr">
        <div>Hello Máté,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I see you are referring to the
          PositionSpecificScoringMatrix class</div>
        <div>defined in Bio/motifs/matrix.py which does indeed appear to
          be DNA</div>
        <div>only. I can't comment on any drawbacks in generalizing that
          code</div>
        <div>(I can see how I would attempt this), but your first idea
          is what I would</div>
        <div>have suggested in the short term - map any U to T in your
          motifs and</div>
        <div>sequences to be searched (i.e. treat as DNA).<br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Peter<br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <div class="gmail_quote">
        <div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Dec 14, 2023 at
          4:18 PM Váczy-Földi Máté <<a href="mailto:vaczy.foldi.mate@semmelweis.hu" target="_blank">vaczy.foldi.mate@semmelweis.hu</a>>
          wrote:<br>
        </div>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
          <div>
            <p>Dear Mailing List Members,</p>
            <p><br>
            </p>
            <p>I would like to ask a question related to the Bio.motifs
              package.<br>
            </p>
            <p>I am currently working a project where I need to find RNA
              motifs in RNA sequences. After consideration we have
              decided to search for the motif occurrences using PSSMs,
              and I would like to implement this using Biopython. I
              looked at the relevant codes in the in the matrix.py file
              and I have seen that the PSSM calculate method is hard
              coded to work only with DNA. There is also a note saying
              "the sequence can only be a DNA sequence". <br>
            </p>
            <p>My question is that:</p>
            <ol>
              <li>Would it be safe to replace all Us with Ts in the
                sequences/PSSMs and run the search that way? (I have
                seen one example of someone doing this while searching.)<br>
              </li>
              <li>Or would it be possible for me to modify the code to
                work with RNA by replacing the Ts with Us in the code
                (or in a more sophisticated way providing an option for
                both)?</li>
            </ol>
            <p>For the latter I understand that I have to modify the
              _pwm.c code too. I am not experienced in C, but what I
              gathered by looking at that code, it should not be a big
              problem.</p>
            <p>I am just looking for some confirmation that I am not
              overlooking some computational or biology related reason
              why the above mentioned solutions are not possible.</p>
            <p><br>
            </p>
            <p>Thank you in advance for your kind help!</p>
            <p><br>
            </p>
            <p>Best wishes,</p>
            <p>Máté Váczy-Földi<br>
            </p>
          </div>
          _______________________________________________<br>
          Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@biopython.org" target="_blank">Biopython@biopython.org</a><br>
          <a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
        </blockquote>
      </div>
    </blockquote>
  </div>

</blockquote></div>