
<!DOCTYPE html><html><head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

  </head>

  <body>

    <p>Dear Mailing List Members,</p>

    <p><br>

    </p>

    <p>I would like to ask a question related to the Bio.motifs package.<br>

    </p>

    <p>I am currently working a project where I need to find RNA motifs

      in RNA sequences. After consideration we have decided to search

      for the motif occurrences using PSSMs, and I would like to

      implement this using Biopython. I looked at the relevant codes in

      the in the matrix.py file and I have seen that the PSSM calculate

      method is hard coded to work only with DNA. There is also a note

      saying "the sequence can only be a DNA sequence". <br>

    </p>

    <p>My question is that:</p>

    <ol>

      <li>Would it be safe to replace all Us with Ts in the

        sequences/PSSMs and run the search that way? (I have seen one

        example of someone doing this while searching.)<br>

      </li>

      <li>Or would it be possible for me to modify the code to work with

        RNA by replacing the Ts with Us in the code (or in a more

        sophisticated way providing an option for both)?</li>

    </ol>

    <p>For the latter I understand that I have to modify the _pwm.c code

      too. I am not experienced in C, but what I gathered by looking at

      that code, it should not be a big problem.</p>

    <p>I am just looking for some confirmation that I am not overlooking

      some computational or biology related reason why the above

      mentioned solutions are not possible.</p>

    <p><br>

    </p>

    <p>Thank you in advance for your kind help!</p>

    <p><br>

    </p>

    <p>Best wishes,</p>

    <p>Máté Váczy-Földi<br>

    </p>

  </body>

</html>