<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I have added a method for codon optimization of a given sequence (DNA or protein) using the codon preferences contained in a CodonAdaptationIndex object. </div><div><br></div><div>I created the method because existing fluorophore sequences were not functional in an organism I work with, and I wanted to quickly generate codon-optimized versions of the fluors for my organism. </div><div><br></div><div>I included the method in biopython/Bio/SeqUtils/__init__.py, inside the CodonAdaptationIndex class. I also added a couple of lines in biopython/Tests/test_SeqUtils.py to apply the method to a sequence and assert that the calculated CAI after optimizing is equal to 1. </div><div><br></div><div>I read the guidelines for contributing, but am not entirely clear on what I should do next. Would it be appropriate to go ahead and make a pull request? </div><div><br></div><div>Thank you! </div><div>Alex</div></div>