<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">Thanks for the feedback,</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">I will check the <a href="http://biojs.net/" target="_blank">http://biojs.net/</a> project.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">With node-red, each module is divided in nodes, and each node gives some specific functionality, the idea is about creating one or more modules with several (dozens maybe) of individual nodes.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">My main problem is trying to avoid 'reinventing the wheel' and find something useful to do. This is hard because  galaxy is a very big and flexible project, but, in the end, I think that node-red can give to the user useful and unique features like:</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">- +3000 pre-packaged modules with almost any functionality you can imagine, especially in data interchange and data transformation. Not in Bioinformatics, of course, this will be my job :)</div><div class="gmail_default" style="font-size:small">- A flexible and customizable dashboard functionality, allowing to transform any workflow into an interactive online web application for the user.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small">- The workflow architecture can be useful for some users. </div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">I've a video showing a concept demo of the biotools module for node-red. The audio is in spanish but the UI is in english and it's pretty easy to understand the concept viewing the video (5min)</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><a href="https://youtu.be/k7WsIQNgz8o">https://youtu.be/k7WsIQNgz8o</a><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Hope you find it interesting,</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>F</div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jan 31, 2022 at 4:16 PM Jocelyne <<a href="mailto:jocelyne@gmail.com" target="_blank">jocelyne@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto"><div>Hi Ferran,<div dir="auto">I personally only use biopython as a library and would rather build my workflow in a python based language, outside of biopython.</div><div dir="auto">I'd be cautious about workflow building. There seems to be 101 (figurative) existing languages (nextflow, snakemake, wdl come top of mind) with many different preferences. I think it's a decision best left to user. But I might not be understanding the intent of the feature well enough.</div><div dir="auto">Jocelyne<br><br><div dir="auto">-- sent from phone</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jan 31, 2022, 02:01 Ferran Fàbregas <<a href="mailto:ferri.fc@gmail.com" target="_blank">ferri.fc@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">Hi all, </div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Based on the feedback you gave me a few weeks ago I've been thinking about leaving the GUI for BioPython and focusing on a BioPython-based workflow tool.<br><br>I'm aware that the Galaxy project also has a workflow tool, but I've been thinking of using something more modular, flexible and cross-functional from an IT point of view, so I think node-red could be a great option.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><a href="https://nodered.org/" rel="noreferrer" target="_blank">https://nodered.org/</a></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>Using node-red you could integrate a new bioinformatics module based on BioPython with thousands of workflow nodes of all kinds, allowing almost everything you can ever need, from access to any database engine, to using an API of anything you can imagine.<br><br>For example you can implement, without the need for programming and using only the workflow interface, applications such as a public Telegram bioinformatic bot (maybe not very useful, but surely fun).</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"> <br>But node-red is based on node.js, not Python :( Although I have been doing some research, and it is possible to run python scripts from node-red.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>Maybe another option would be to port BioPython to Javascript, facilitating the integration with node-red infrastructure.<br clear="all"></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">What do you think about using BioPython as a backend for a bioinformatics module for the node-red workflows?</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">I also created a ultrabasic test module package for node-red using npm (using native JS)</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><a href="https://www.npmjs.com/package/node-red-contrib-biotools" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.npmjs.com/package/node-red-contrib-biotools</a><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Kind regards,</div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br></div><div>F</div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@biopython.org" rel="noreferrer" target="_blank">Biopython@biopython.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div></div></div>
</blockquote></div>