<div dir="auto"><div>Hi Ferran,<div dir="auto">I personally only use biopython as a library and would rather build my workflow in a python based language, outside of biopython.</div><div dir="auto">I'd be cautious about workflow building. There seems to be 101 (figurative) existing languages (nextflow, snakemake, wdl come top of mind) with many different preferences. I think it's a decision best left to user. But I might not be understanding the intent of the feature well enough.</div><div dir="auto">Jocelyne<br><br><div data-smartmail="gmail_signature" dir="auto">-- sent from phone</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jan 31, 2022, 02:01 Ferran Fàbregas <<a href="mailto:ferri.fc@gmail.com">ferri.fc@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">Hi all, </div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Based on the feedback you gave me a few weeks ago I've been thinking about leaving the GUI for BioPython and focusing on a BioPython-based workflow tool.<br><br>I'm aware that the Galaxy project also has a workflow tool, but I've been thinking of using something more modular, flexible and cross-functional from an IT point of view, so I think node-red could be a great option.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><a href="https://nodered.org/" target="_blank" rel="noreferrer">https://nodered.org/</a></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>Using node-red you could integrate a new bioinformatics module based on BioPython with thousands of workflow nodes of all kinds, allowing almost everything you can ever need, from access to any database engine, to using an API of anything you can imagine.<br><br>For example you can implement, without the need for programming and using only the workflow interface, applications such as a public Telegram bioinformatic bot (maybe not very useful, but surely fun).</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"> <br>But node-red is based on node.js, not Python :( Although I have been doing some research, and it is possible to run python scripts from node-red.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>Maybe another option would be to port BioPython to Javascript, facilitating the integration with node-red infrastructure.<br clear="all"></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">What do you think about using BioPython as a backend for a bioinformatics module for the node-red workflows?</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">I also created a ultrabasic test module package for node-red using npm (using native JS)</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><a href="https://www.npmjs.com/package/node-red-contrib-biotools" target="_blank" rel="noreferrer">https://www.npmjs.com/package/node-red-contrib-biotools</a><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Kind regards,</div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br></div><div>F</div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@biopython.org" target="_blank" rel="noreferrer">Biopython@biopython.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div></div></div>