<div dir="ltr">Hello Ferran,<div><br></div><div>You might want to look at BioJS, <a href="http://biojs.net/">http://biojs.net/</a> - although I think they are dormant now.<div><br></div><div><div>To my mind you wouldn't be writing one module for such a workflow system, but dozens or more. For example, you could have a sequence file format converter (e.g. SFF to FASTQ), a multiple sequence alignment file format converted (e.g. PHYLIP to FASTA), a protein statistics tool (FASTA to TSV table), etc. Some of those would be quite simple, others would be lots of work for the person linking the Python code to the workflow interface.</div><div><br></div><div>That's my impression based on having written quite a few Galaxy tools in Python - I would be surprised if this was dramatically different in any other workflow tool. For Galaxy I would start by defining a task as a command line tool written in Python using Biopython, then for Galaxy integration it is like wrapping any other command line tool.</div><div><br></div><div>Peter</div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jan 31, 2022 at 10:01 AM Ferran Fàbregas <<a href="mailto:ferri.fc@gmail.com">ferri.fc@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">Hi all, </div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Based on the feedback you gave me a few weeks ago I've been thinking about leaving the GUI for BioPython and focusing on a BioPython-based workflow tool.<br><br>I'm aware that the Galaxy project also has a workflow tool, but I've been thinking of using something more modular, flexible and cross-functional from an IT point of view, so I think node-red could be a great option.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><a href="https://nodered.org/" target="_blank">https://nodered.org/</a></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>Using node-red you could integrate a new bioinformatics module based on BioPython with thousands of workflow nodes of all kinds, allowing almost everything you can ever need, from access to any database engine, to using an API of anything you can imagine.<br><br>For example you can implement, without the need for programming and using only the workflow interface, applications such as a public Telegram bioinformatic bot (maybe not very useful, but surely fun).</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"> <br>But node-red is based on node.js, not Python :( Although I have been doing some research, and it is possible to run python scripts from node-red.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>Maybe another option would be to port BioPython to Javascript, facilitating the integration with node-red infrastructure.<br clear="all"></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">What do you think about using BioPython as a backend for a bioinformatics module for the node-red workflows?</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">I also created a ultrabasic test module package for node-red using npm (using native JS)</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><a href="https://www.npmjs.com/package/node-red-contrib-biotools" target="_blank">https://www.npmjs.com/package/node-red-contrib-biotools</a><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Kind regards,</div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br></div><div>F</div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@biopython.org" target="_blank">Biopython@biopython.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div>