<div dir="ltr"><div>Hi Hrishikesh,</div><div><br></div><div>In addition to what Carlos suggested, what version of DSSP are you using? There are a few in circulation nowadays and they're not all consistent in terms of input arguments and formats.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>João<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Carlos Henrique <<a href="mailto:carlosmr12@gmail.com">carlosmr12@gmail.com</a>> escreveu no dia terça, 13/04/2021 à(s) 16:58:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Hrishikesh,<br><br>Can you provide more details on the PDB structure you are using as input?<br>I had similar problems in the past and in my case it was because DSSP was failing due to issues with the protein structure. In order to rule that out, you could try running DSSP manually in a terminal window and check the output/log file.<div>Something like this:<br><br><i>dssp -i 1crn.pdb -o 1crn.dssp</i><br><br>I hope this helps.<br><br>Cheers,</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, 13 Apr 2021 at 23:51, Hrishikesh Dhondge <<a href="mailto:hbdhondge@gmail.com" target="_blank">hbdhondge@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello everyone,<br>I'm facing a problem with the DSSP module in Biopython. I am trying to compute solvent accessible surface area from the PDB file. <br>I used the same block of code as given in the biopython wiki: <div><br></div><div><a href="https://biopython.org/docs/1.78/api/Bio.PDB.DSSP.html?highlight=dssp#module-Bio.PDB.DSSP" target="_blank">https://biopython.org/docs/1.78/api/Bio.PDB.DSSP.html?highlight=dssp#module-Bio.PDB.DSSP</a><br><br><div>But after running it returns nothing and gives the following error:<br><br></div><div>a_key = list(dssp.keys())[2]<br>IndexError: list index out of range<br><br>Any suggestions would be appreciated. Thanks in advance!<br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>With regards</div><div dir="ltr">Hrishikesh Dhondge<div><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@biopython.org" target="_blank">Biopython@biopython.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr">Carlos Rodrigues<div><div><br></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@biopython.org" target="_blank">Biopython@biopython.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div>