<div dir="ltr"><div>Hi Peter,</div><div><br></div><div>Thank you so much for always being so helpful. You're correct, that was my issue. Thank you again!</div><div><br></div><div>Jocelyne<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Oct 7, 2020 at 1:27 PM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I think FeatureLocation(1,1) is correct, but you need to have a record<br>
longer than 1 bp otherwise it gets confused into thinking you have a<br>
feature right at the end of a circular sequence:<br>
<br>
<a href="https://github.com/biopython/biopython/blob/biopython-178/Bio/SeqIO/InsdcIO.py#L258" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/biopython/biopython/blob/biopython-178/Bio/SeqIO/InsdcIO.py#L258</a><br>
<br>
Peter<br>
<br>
On Wed, Oct 7, 2020 at 7:53 PM Jocelyne <<a href="mailto:jocelyne@gmail.com" target="_blank">jocelyne@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hello,<br>
> I'm trying to write a feature with location "1^2" (a cut site between the first and second base).<br>
><br>
> If I parse a file that contains a feature with location "1^2", I get back a<br>
> FeatureLocation(ExactPosition(1), ExactPosition(1))<br>
><br>
> However, if I write a file with `FeatureLocation(ExactPosition(1), ExactPosition(1))` , I get "1^1"<br>
><br>
> I have tried:<br>
> * FeatureLocation(1,1)   -> 1^1<br>
> * FeatureLocation(1,2)   -> 2<br>
> * FeatureLocation(ExactPosition(1), ExactPosition(1))   -> 1^1<br>
> * FeatureLocation(ExactPosition(1), ExactPosition(2))   -> 2<br>
> * FeatureLocation(FeatureLocation(BetweenPosition(0,0,1), BetweenPosition(1,1,2)))  -> (1^2)..(1^2)<br>
><br>
> I'm a bit at a loss at this point. Does anyone know how to "1^2" to a genbank file?<br>
><br>
> Any help is appreciated.<br>
><br>
> Thank you!<br>
><br>
> Jocelyne<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
> <a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div>