<div dir="auto">Dear Navid,<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Biopython does include parsers for trajectories, nor are our data structures appropriate for that type of data. I'd recommend MDanalysis or mdtraj for that! You can always dump frames in pdb and then parse with Biopython.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Cheers, </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">João </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">A quarta, 16/09/2020, 09:35, Navid Shervani-Tabar <<a href="mailto:nshervt@gmail.com">nshervt@gmail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear biopython experts,</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">I have a trajectory of alanine dipeptide molecule (from <a href="https://markovmodel.github.io/mdshare/ALA2/#alanine-dipeptide" target="_blank" rel="noreferrer">https://markovmodel.github.io/mdshare/ALA2/#alanine-dipeptide</a>) and would like to save the conformation label (alpha_L, alpha_R, beta, etc) at each timestep. I was wondering if biopython can do this. I have two files available: 1) .pdb file and 2) .xtc file. Thanks!  </div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Best, </div><font color="#888888"><div dir="ltr">Navid</div></font></div></div>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank" rel="noreferrer">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a></blockquote></div>