<div dir="auto">Hi Peter,<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I don't think there's much to add about our changes to Bio.PDB. A lot of internal development, nothing worth noting for users I think!</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I'll happily run tests when you build the release here on windows machines. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Cheers, </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">João </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">A terça, 1/09/2020, 06:31, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thank you Stéphane,<div><br></div><div>We ought really to silence those warnings from Biopython within the test suite, that would be neater. The FTP error is probably also harmless under the circumstance.</div><div><br></div><div>Regarding "OSError: dnal returned 127", do you have the dnal command line tool installed? There may be something not quite right in how Tests/test_Wise.py is detecting the tool.</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div><br></div><div>Peter</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Sep 1, 2020 at 2:19 PM Téletchéa Stéphane <<a href="mailto:stephane.teletchea@univ-nantes.fr" target="_blank" rel="noreferrer">stephane.teletchea@univ-nantes.fr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
  
    
  
  <div>
    <div>Le 01/09/2020 à 00:14, Peter Cock a
      écrit :<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      <div>If anyone has tested the current master as requested, I have
        not</div>
      <div>seen any replies or new reports about the alphabet removal.</div>
    </blockquote>
    Dear all,<br>
    <br>
    Just for the record, I did the tests on my machine (Ubuntu 18.04 LTS
    64 bits up to date),<br>
    and nothing went wrong, except some warnings (between ~~~ lines):<br>
    <br>
    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>
    <br>
    test_MarkovModel ...
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/Tests/test_MarkovModel.py:408:
    VisibleDeprecationWarning: Creating an ndarray from ragged nested
    sequences (which is a list-or-tuple of lists-or-tuples-or ndarrays
    with different lengths or shapes) is deprecated. If you meant to do
    this, you must specify 'dtype=object' when creating the ndarray<br>
      [0, 1, 1, 2, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3],<br>
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/Tests/test_MarkovModel.py:416:
    VisibleDeprecationWarning: Creating an ndarray from ragged nested
    sequences (which is a list-or-t<br>
    <br>
    <br>
    test_SeqIO_Insdc ...
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/GenBank/Scanner.py:305:
    BiopythonParserWarning: Non-standard feature line wrapping (didn't
    break on comma)?<br>
      BiopythonParserWarning,<br>
    ok<br>
    <br>
    test_SubsMat ...
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/SubsMat/__init__.py:131:
    BiopythonDeprecationWarning: Bio.SubsMat has been deprecated, and we
    intend to remove it in a future release of Biopython. As an
    alternative, please consider using Bio.Align.substitution_matrices
    as a replacement, and contact the Biopython developers if you still
    need the Bio.SubsMat module.<br>
      BiopythonDeprecationWarning,<br>
    ok<br>
    <br>
    test_codonalign ...
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/codonalign/codonalignment.py:115:
    BiopythonWarning: Please make sure the two CodonAlignment objects
    are sharing the same codon table. This is not checked by Biopython.<br>
      BiopythonWarning,<br>
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/Seq.py:2319:
    BiopythonWarning: This table contains 6 codon(s) which code(s) for
    both STOP and an amino acid (e.g. 'TAA' -> 'stop' or STOP). Such
    codons will be translated as amino acid.<br>
      BiopythonWarning,<br>
    ok<br>
    <br>
    test_samtools_tool ... skipping. Install samtools and correctly set
    the file path to the program<br>
            if you want to use it from Biopython<br>
    test_seq ...
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/Seq.py:2344:
    BiopythonWarning: Partial codon, len(sequence) not a multiple of
    three. Explicitly trim the sequence or add trailing N before
    translation. This may become an error in future.<br>
      BiopythonWarning,<br>
    ok<br>
    <br>
    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>
    <br>
    I do get errors while the ftp lib is called, probably because I'm
    behind a proxy:<br>
    <br>
      File "/usr/lib/python3.6/ftplib.py", line 210, in getline<br>
        raise EOFError<br>
    urllib.error.URLError: <urlopen error ftp error: EOFError()><br>
    <br>
    I'm not sure if this is related to biopython or python (ftp) or my
    environment (the upstream files download fine from a browser).<br>
    <br>
    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>
    <br>
    There is one error that may come from the Alphabet drop or the
    internal cmdline management:<br>
    <br>
    ERROR: test_align (test_Wise.TestWise)<br>
    Call dnal with optional arguments, and do a trivial check on the
    output.<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
    Traceback (most recent call last):<br>
      File
    "/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/Tests/test_Wise.py",
    line 55, in test_align<br>
        quiet=True,<br>
      File
"/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/Wise/__init__.py",
    line 114, in align<br>
        return align(cmdline, pair, 0, force_type, dry_run, quiet,
    debug)<br>
      File
"/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/Wise/__init__.py",
    line 116, in align<br>
        raise OSError("%s returned %s" % (" ".join(cmdline), status))<br>
    OSError: dnal returned 127<br>
    <br>
    I'm not sure how to interpret this :-/<br>
    <br>
    I'm not sure it helps, but at leat you know someone tried :-)<br>
    <br>
    Best,<br>
    <br>
    Stéphane<br>
    <br>
    <pre cols="72">-- 
Assistant Professor in BioInformatics, UFIP, UMR 6286 CNRS, Team Protein Design In Silico
UFR Sciences et Techniques, 2, rue de la Houssinière, Bât. 25, 44322 Nantes cedex 03, France
Tél : +33 251 125 636 / Fax : +33 251 125 632
<a href="http://www.ufip.univ-nantes.fr/" target="_blank" rel="noreferrer">http://www.ufip.univ-nantes.fr/</a> - <a href="http://www.steletch.org" target="_blank" rel="noreferrer">http://www.steletch.org</a></pre>
  </div>

_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank" rel="noreferrer">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a></blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank" rel="noreferrer">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a></blockquote></div>