<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body>
    <div class="moz-cite-prefix">Le 01/09/2020 à 00:14, Peter Cock a
      écrit :<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAKVJ-_4GUrS6V8TX-YV13XRbvbApuCGPttfr8DxaOTxz-pB_sQ@mail.gmail.com">
      <div>If anyone has tested the current master as requested, I have
        not</div>
      <div>seen any replies or new reports about the alphabet removal.</div>
    </blockquote>
    Dear all,<br>
    <br>
    Just for the record, I did the tests on my machine (Ubuntu 18.04 LTS
    64 bits up to date),<br>
    and nothing went wrong, except some warnings (between ~~~ lines):<br>
    <br>
    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>
    <br>
    test_MarkovModel ...
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/Tests/test_MarkovModel.py:408:
    VisibleDeprecationWarning: Creating an ndarray from ragged nested
    sequences (which is a list-or-tuple of lists-or-tuples-or ndarrays
    with different lengths or shapes) is deprecated. If you meant to do
    this, you must specify 'dtype=object' when creating the ndarray<br>
      [0, 1, 1, 2, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3],<br>
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/Tests/test_MarkovModel.py:416:
    VisibleDeprecationWarning: Creating an ndarray from ragged nested
    sequences (which is a list-or-t<br>
    <br>
    <br>
    test_SeqIO_Insdc ...
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/GenBank/Scanner.py:305:
    BiopythonParserWarning: Non-standard feature line wrapping (didn't
    break on comma)?<br>
      BiopythonParserWarning,<br>
    ok<br>
    <br>
    test_SubsMat ...
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/SubsMat/__init__.py:131:
    BiopythonDeprecationWarning: Bio.SubsMat has been deprecated, and we
    intend to remove it in a future release of Biopython. As an
    alternative, please consider using Bio.Align.substitution_matrices
    as a replacement, and contact the Biopython developers if you still
    need the Bio.SubsMat module.<br>
      BiopythonDeprecationWarning,<br>
    ok<br>
    <br>
    test_codonalign ...
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/codonalign/codonalignment.py:115:
    BiopythonWarning: Please make sure the two CodonAlignment objects
    are sharing the same codon table. This is not checked by Biopython.<br>
      BiopythonWarning,<br>
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/Seq.py:2319:
    BiopythonWarning: This table contains 6 codon(s) which code(s) for
    both STOP and an amino acid (e.g. 'TAA' -> 'stop' or STOP). Such
    codons will be translated as amino acid.<br>
      BiopythonWarning,<br>
    ok<br>
    <br>
    test_samtools_tool ... skipping. Install samtools and correctly set
    the file path to the program<br>
            if you want to use it from Biopython<br>
    test_seq ...
/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/Seq.py:2344:
    BiopythonWarning: Partial codon, len(sequence) not a multiple of
    three. Explicitly trim the sequence or add trailing N before
    translation. This may become an error in future.<br>
      BiopythonWarning,<br>
    ok<br>
    <br>
    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>
    <br>
    I do get errors while the ftp lib is called, probably because I'm
    behind a proxy:<br>
    <br>
      File "/usr/lib/python3.6/ftplib.py", line 210, in getline<br>
        raise EOFError<br>
    urllib.error.URLError: <urlopen error ftp error: EOFError()><br>
    <br>
    I'm not sure if this is related to biopython or python (ftp) or my
    environment (the upstream files download fine from a browser).<br>
    <br>
    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>
    <br>
    There is one error that may come from the Alphabet drop or the
    internal cmdline management:<br>
    <br>
    ERROR: test_align (test_Wise.TestWise)<br>
    Call dnal with optional arguments, and do a trivial check on the
    output.<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
    Traceback (most recent call last):<br>
      File
    "/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/Tests/test_Wise.py",
    line 55, in test_align<br>
        quiet=True,<br>
      File
"/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/Wise/__init__.py",
    line 114, in align<br>
        return align(cmdline, pair, 0, force_type, dry_run, quiet,
    debug)<br>
      File
"/data/teletchea-s/projets/externes/biopython/build/lib.linux-x86_64-3.6/Bio/Wise/__init__.py",
    line 116, in align<br>
        raise OSError("%s returned %s" % (" ".join(cmdline), status))<br>
    OSError: dnal returned 127<br>
    <br>
    I'm not sure how to interpret this :-/<br>
    <br>
    I'm not sure it helps, but at leat you know someone tried :-)<br>
    <br>
    Best,<br>
    <br>
    Stéphane<br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Assistant Professor in BioInformatics, UFIP, UMR 6286 CNRS, Team Protein Design In Silico
UFR Sciences et Techniques, 2, rue de la Houssinière, Bât. 25, 44322 Nantes cedex 03, France
Tél : +33 251 125 636 / Fax : +33 251 125 632
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ufip.univ-nantes.fr/">http://www.ufip.univ-nantes.fr/</a> - <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.steletch.org">http://www.steletch.org</a></pre>
  </body>
</html>