<div dir="ltr">Great - I think the original issue was you'd left the sequences within<div>the alignment as a generic alphabet, and only manually set the outer</div><div>MSA to protein.<br><div><br></div><div>Peter</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, May 24, 2020 at 4:54 AM Sebastian Bassi <<a href="mailto:sbassi@gmail.com">sbassi@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">You were right, I added the alphabet parameter to AlignIO.read and it works now. Thank you very much!</div></div>
</blockquote></div>