<div dir="auto">Hi Alister,<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">The Biopython parser identifies unique residues based on chain ids. For a quick solution, you can use the pdb_segxchain tool from <a href="https://pypi.org/project/pdb-tools/">https://pypi.org/project/pdb-tools/</a> to swap the segid to the chain id field. Then re-read using bio.pdb</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Cheers, </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">João </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">A sexta, 1/11/2019, 15:21, Alister Burt <<a href="mailto:alisterburt@gmail.com">alisterburt@gmail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi all,<br>
<br>
Apologies if there’s an easy solution to this but a quick google didn’t turn up anything!<br>
<br>
I’m trying to use Bio.PDB.PDBParser.get_structure() to read a pdb file from a collaborator. The file contains multiple copies of the a few different molecules, differentiated by the SEGID entry in columns 73:76 of the file. <br>
<br>
When trying to read this file I get the following error once for each atom in a chain which was already defined:<br>
> /Users/alisterburt/anaconda/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/Bio/PDB/PDBParser.py:291: PDBConstructionWarning: PDBConstructionException: ('H_POP', 26, ' ') defined twice at line 76812.<br>
> Exception ignored.<br>
> Some atoms or residues may be missing in the data structure.<br>
>   % message, PDBConstructionWarning)<br>
<br>
This means the resulting Structure object only contains one copy of each molecule.<br>
<br>
I know this SEGID entry is not part of the official PDB format, does anyone have a quick solution that will allow me to read in all atoms from this file?<br>
<br>
Thanks in advance,<br>
<br>
Alister<br>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank" rel="noreferrer">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a></blockquote></div>