<div dir="ltr">Hello all,<div><div><br></div><div>Thank you everyone who contributed to polishing the abstract, both</div><div>the 200 summary and the longer one page PDF - that was submitted.</div><div><br></div><div>The talks repository originally started by Bow has been forked under</div><div>the Biopython GitHub account, and we can use this in future years:</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/biopython/talks">https://github.com/biopython/talks</a><br></div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><div>Peter</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, May 15, 2019 at 5:20 PM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Revised slightly with input from Christian, thank you. The plain text<br>
is now here:<br>
<br>
<a href="https://github.com/peterjc/talks/blob/master/2019_BOSC/abstract/abstract.txt" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/peterjc/talks/blob/master/2019_BOSC/abstract/abstract.txt</a><br>
<br>
That will become an official biopython repository on GitHub shortly...<br>
<br>
Peter<br>
<br>
On Wed, May 15, 2019 at 4:51 PM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Cut down to 200 words for the online submission, longer PDF attached too:<br>
><br>
> <start><br>
><br>
> Biopython is a long-running distributed collaborative effort, a freely<br>
> available Python library for biological computation. We summarise<br>
> recent project news, and look ahead.<br>
><br>
> Releases 1.73 (December 2018) and 1.74 (expected May/June 2019) had<br>
> incremental improvements, especially on the in-line API documentation.<br>
> Every public API should be documented this year.<br>
><br>
> In 2017 we started a transition away from our liberal but unique<br>
> Biopython License Agreement to the similar but very widely used<br>
> 3-Clause BSD License. Already half the files in the main library have<br>
> been dual licensed after reviewing authorship, and all new<br>
> contributions are dual licensed.<br>
><br>
> Improving test coverage is ongoing, currently fairly static at 85%<br>
> (excluding online tests). Tests and Python PEP8/PEP257 style are<br>
> checked with continuous integration on Linux (TravisCI) and Windows<br>
> (AppVeyor). We may adopt Python code formatting style tool black to<br>
> reduce human time writing compliant code.<br>
><br>
> In 2020, in line with other scientific Python libraries, we will drop<br>
> Python 2 support.<br>
><br>
> In the last year Biopython had 32 named contributors, including 14<br>
> newcomers. This reflects our policy of trying to encourage even small<br>
> contributions. We expect reach 250 contributors by our 20th Birthday<br>
> in August 2019.<br>
><br>
> <end><br>
><br>
> This has been submitted, but until the submissions close tonight I<br>
> should be able to tweak it.<br>
><br>
> Peter<br>
><br>
> On Wed, May 15, 2019 at 4:26 PM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br>
> ><br>
> > Curses, over double the 200 word limit on the new ISCB shared abstract<br>
> > submission system.<br>
> > The PDF is fine, but lots of editing required...<br>
> ><br>
> > Peter<br>
> ><br>
> > On Wed, May 15, 2019 at 4:18 PM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br>
> > ><br>
> > > Dear Biopythoneers,<br>
> > ><br>
> > > I've put together an abstract for BOSC 2019 (PDF attached, plain text below)<br>
> > > for any quick comments before I submit it later today. There may be a chance<br>
> > > to tweak this during the abstract review process, if for example I've forgotten<br>
> > > something or someone important.<br>
> > ><br>
> > > The source is currently here, on what was originally a fork of Bow's<br>
> > > repository -<br>
> > > which we're going to move under the Biopython GitHub account shortly:<br>
> > ><br>
> > > <a href="https://github.com/peterjc/talks/blob/master/2019_BOSC/abstract/abstract.tex" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/peterjc/talks/blob/master/2019_BOSC/abstract/abstract.tex</a><br>
> > ><br>
> > > Peter<br>
> > ><br>
> > > --<br>
> > ><br>
> > > The Biopython Project is a long-running distributed collaborative<br>
> > > effort, supported by the Open Bioinformatics Foundation, which<br>
> > > develops a freely available Python library for biological computation<br>
> > > [1]. This talk will look ahead to the year to come, and give a summary<br>
> > > of the project news since the 1.72 release in June 2018, and the talk<br>
> > > at GCCBOSC 2018.<br>
> > ><br>
> > > While there were no major new modules introduced in Biopython 1.73<br>
> > > (December 2018) or Biopython 1.74 (expected May/June 2019), there have<br>
> > > been lots of incremental improvements. In terms of lines of code<br>
> > > changed, a substantial proportion have been in-line documentation<br>
> > > (Python docstrings), used to generate human readable API<br>
> > > documentation. While we are still using epydoc for this, our<br>
> > > continuous integration system has been generating more modern HTML<br>
> > > output using Sphinx, which we hope to host on our domain, or at Read<br>
> > > The Docs, making this work much more visible to the world. We have<br>
> > > been using the tool flake8 with various plugins for this (as well as<br>
> > > checking coding style), showing a steady improvement in best practice<br>
> > > compliance - every public API should be documented this year.<br>
> > ><br>
> > > In 2017 we started a re-licensing plan, to transition away from our<br>
> > > liberal but unique Biopython License Agreement to the similar but very<br>
> > > widely used 3-Clause BSD License. We are reviewing the code base<br>
> > > authorship file-by-file, to gradually dual license the entire project.<br>
> > > All new contributions are dual licensed, and currently half the Python<br>
> > > files in the main library have been dual licensed.<br>
> > ><br>
> > > Another important going effort is improving the unit test coverage.<br>
> > > Sadly This is currently fairly static at about 85% (excluding online<br>
> > > tests), but can be viewed online at CodeCov.io.<br>
> > ><br>
> > > We are using GitHub-integrated continuous integration testing on Linux<br>
> > > (using TravisCI) and Windows (using AppVeyor), including enforcing the<br>
> > > Python PEP8 and PEP257 coding style guidelines. We hope to be able to<br>
> > > recommend a simple git pre-commit hook for our contributors shortly,<br>
> > > and have discussed the idea of adopting the new yet popular Python<br>
> > > code formatting style tool black to reduce the human time costs in<br>
> > > writing compliant code.<br>
> > ><br>
> > > Looking further ahead, in 2020, in line with most major scientific<br>
> > > Python libraries, we will be dropping support for Python 2. See<br>
> > > <a href="https://python3statement.org/" rel="noreferrer" target="_blank">https://python3statement.org/</a><br>
> > ><br>
> > > Finally, since our last update talk in June 2018, Biopython has had 32<br>
> > > named contributors including 14 newcomers. This reflects our policy of<br>
> > > trying to encourage even small contributions. This brings our total<br>
> > > named contributor count to 248 since the project began, and looks<br>
> > > likely to break 250 by our 20th Birthday in August 2019.<br>
> > ><br>
> > > References<br>
> > ><br>
> > > [1] Cock, P.J.A., Antao, T., Chang, J.T., Chapman, B.A., Cox, C.J.,<br>
> > > Dalke, A., Friedberg, I., Hamelryck, T., Kauff, F., Wilczynski, B., de<br>
> > > Hoon, M.J. (2009) Biopython: freely available Python tools for<br>
> > > computational molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics<br>
> > > 25(11) 1422-3. doi:10.1093/bioinformatics/btp163<br>
> > ><br>
> > > On Wed, May 15, 2019 at 8:58 AM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br>
> > > ><br>
> > > > Hello all,<br>
> > > ><br>
> > > > I intend to put together a Biopython Project Update 2019 abstract for a<br>
> > > > BOSC 2019 Late Breaking Lightning Talk (i.e. 5mins), the deadline for<br>
> > > > which is TODAY.<br>
> > > ><br>
> > > > <a href="https://www.open-bio.org/events/bosc/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.open-bio.org/events/bosc/</a><br>
> > > ><br>
> > > > This will include the imminent Biopython 1.74 release, which we should<br>
> > > > try to get ready soon. Separate emails on that later.<br>
> > > ><br>
> > > > Thanks,<br>
> > > ><br>
> > > > Peter<br>
> > > ><br>
> > > > On Tue, Apr 9, 2019 at 9:11 AM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br>
> > > > ><br>
> > > > > No talk volunteers? The deadline for abstract submission is this Thursday (see below), unless we go for a lightning talk only which might be appropriate?<br>
> > > > ><br>
> > > > > Peter<br>
> > > > ><br>
> > > > > On Wed, 13 Mar 2019 at 13:20, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br>
> > > > >><br>
> > > > >> Dear Biopythoneers,<br>
> > > > >><br>
> > > > >> Speaking as part of the BOSC organising committee, please<br>
> > > > >> come to Basel this summer and submit your open source<br>
> > > > >> bioinformatics abstracts soon.<br>
> > > > >><br>
> > > > >> Speaking as a Biopython developer, we should start planning<br>
> > > > >> our traditional annual Biopython Project Update talk. As usual,<br>
> > > > >> are there any volunteers from our contributors who would like<br>
> > > > >> to present this? If not, I am hoping to be there myself.<br>
> > > > >><br>
> > > > >> We have templates for the abstracts submitted in recent years,<br>
> > > > >> and slide decks too - have a look at some of the past talk slides<br>
> > > > >> and videos if you are interested:<br>
> > > > >><br>
> > > > >> <a href="https://gccbosc2018.sched.com/event/EivJ/biopython-project-update-2018" rel="noreferrer" target="_blank">https://gccbosc2018.sched.com/event/EivJ/biopython-project-update-2018</a><br>
> > > > >> <a href="https://www.open-bio.org/wiki/BOSC_2017_Schedule" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.open-bio.org/wiki/BOSC_2017_Schedule</a><br>
> > > > >> <a href="https://www.open-bio.org/wiki/BOSC_2016_Schedule" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.open-bio.org/wiki/BOSC_2016_Schedule</a><br>
> > > > >> <a href="https://www.open-bio.org/wiki/BOSC_2015_Schedule" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.open-bio.org/wiki/BOSC_2015_Schedule</a><br>
> > > > >> etc<br>
> > > > >><br>
> > > > >> Thank you,<br>
> > > > >><br>
> > > > >> Peter<br>
> > > > >><br>
> > > > >><br>
> > > > ><br>
> > > > > ---------- Forwarded message ---------<br>
> > > > > From: BOSC 2019 <<a href="mailto:boscannounce2019@gmail.com" target="_blank">boscannounce2019@gmail.com</a>><br>
> > > > > Date: Tue, 9 Apr 2019 at 05:32<br>
> > > > > Subject: [BOSC] BOSC abstract deadline is this Thursday (April 11)!<br>
> > > > > To: <<a href="mailto:bosc@open-bio.org" target="_blank">bosc@open-bio.org</a>><br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > > Hi all,<br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > > [Apologies if you get this message more than once! Google didn't like the messages we sent from the <a href="http://open-bio.org" rel="noreferrer" target="_blank">open-bio.org</a> mailing list, so we're trying something different for now.]<br>
> > > > ><br>
> > > > > If you’re hoping to give a full-length talk at BOSC 2019, don’t forget to submit your abstract by Thursday, April 11! The later deadline (May 15) is just for posters and late-breaking lightning talks.<br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > > Please note: although BOSC has often granted extensions, ISMB does not plan to do this, so be sure to get your abstract in by 11:59 Hawaii Time on April 11!<br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > > Key Dates<br>
> > > > ><br>
> > > > > April 11, 2019: Deadline for submitting talk/poster abstracts<br>
> > > > ><br>
> > > > > April 15: OBF travel fellowship application deadline<br>
> > > > ><br>
> > > > > May 9: First-round authors notified about talk/poster acceptance<br>
> > > > ><br>
> > > > > May 15: Late poster / late-breaking lightning talk abstract deadline<br>
> > > > ><br>
> > > > > May 23: Late poster / late-breaking lightning talk authors notified<br>
> > > > ><br>
> > > > > July 21-25, 2019: ISMB/ECCB 2019, Basel, Switzerland<br>
> > > > ><br>
> > > > > July 24-25 (last two days of ISMB): BOSC 2019, Basel, Switzerland<br>
> > > > ><br>
> > > > > July 26-27: CollaborationFest (CoFest) 2019, Basel<br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > > Check out our NEW website: <a href="https://www.open-bio.org/events/bosc/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.open-bio.org/events/bosc/</a> !<br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > > We hope to see you in Basel!<br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > >     --The BOSC 2019 Organizing Committee<br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > >><br>
</blockquote></div>