<div dir="ltr">Hi Peter,<div>Sorry, that I posted here. My questions relates to Bioinformatics and I thought maybe there is a Python library around.</div><div><br></div><div>The screenshoot shows scaffolds and their names (green boxes) within the chromosomes bins (blue boxes). I am interested to extract the scaffold names for each chromosomes so I could compare the two results from ALLHiC and 3d-dna for each chromosomes.</div><div><br></div><div>Thank you in advance,</div><div><br></div><div>Mic</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, 11 Jan 2019 at 19:52, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello Mic,<br>
<br>
I don't understand you question and how it relates to Biopython.<br>
Do you mean starting from the output of  3d-dna and/or ALLHiC,<br>
how to match scaffold names to the diagonal entries (green boxes)?<br>
<br>
Peter<br>
<br>
On Fri, Jan 11, 2019 at 4:02 AM Mic <<a href="mailto:mictadlo@gmail.com" target="_blank">mictadlo@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hello,<br>
> I ran 3d-dna and ALLHiC. Both of them showing in JuiceBox ( <a href="https://www.youtube.com/watch?v=Nj7RhQZHM18" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.youtube.com/watch?v=Nj7RhQZHM18</a> ) different chromosome size bins (blue). Is there a way to extract scaffold names (green box ) inside each blue box as shown here ( <a href="https://imgur.com/a/izTbb54" rel="noreferrer" target="_blank">https://imgur.com/a/izTbb54</a> ) ?<br>
><br>
> Thank you in advance<br>
><br>
> Mic<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div>