<html>
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      charset=windows-1252">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Dear John,<br>
    <br>
    I did the rewrite of pairwise2 in 2016. Michiel, who wrote the new
    PairwiseAligner, did some comparisons and, as far as I remember,
    pairwise2 was comparable to the new PairwiseAligner regarding
    maximum sequence length. Also, in my experience, ~2000 residues for
    pairwise2 is very low; I usually got something about ~7000 residues.
    Can you report a test case, e.g. two sequence IDs and your pairwise2
    alignment parameters?<br>
    <br>
    Best,<br>
    Markus<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">Am 10.07.2018 um 20:51 schrieb John
      Berrisford:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:00bc01d4187f$10b2bf10$32183d30$@ebi.ac.uk">
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      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal">Hi <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I’m looking at performing pairwise
          alignments of polymer sequences in biopython. <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">These will be protein or nucleotide
          sequences. They may include non-standard residues which will
          be denoted as X. <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">The sequences will be of varying length
          from around 20 residues up to several thousand residues – put
          simply the range of sequences in the PDB. <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I’m looking for the best tool to use to do
          this in biopython<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">So far I have performed tests with
          pairwise2 and Align.PairwiseAligner. <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">From my tests it seems that pairwise2 has a
          limit of ~2000 residues – i.e. if I give it a sequence of 2500
          residues to compare against itself it crashes. PairwiseAligner
          seems to be able to handle much longer sequences without
          issue. <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I need to be able to set gap penalties –
          which is possible in both of these programs. <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">So my question are:<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Are these the only options in biopython? –
          I would prefer a python implementation rather than something
          that requires external compilation i.e. Emboss Needle<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Are these the best options?<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Are they both maintained / stable? <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Are they comparable in their results?<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Is the limitation in sequence length in
          pairwise2 a known issue? A quick google search suggests most
          people use pairwise2, which is strange given its sequence
          length limitation. <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Thank you<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">John <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">--<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">John Berrisford<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">PDBe<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">European Bioinformatics Institute
          (EMBL-EBI)<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">European Molecular Biology Laboratory<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Wellcome Genome Campus<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Hinxton<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Cambridge CB10 1SD UK<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Tel: +44 1223 492529<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><a href="https://www.pdbe.org/"
            moz-do-not-send="true"><span style="color:#0563C1">https://www.pdbe.org</span></a><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><a
            href="https://www.facebook.com/proteindatabank"
            moz-do-not-send="true"><span style="color:#0563C1">https://www.facebook.com/proteindatabank</span></a><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><a href="https://twitter.com/PDBeurope"
            moz-do-not-send="true"><span style="color:#0563C1">https://twitter.com/PDBeurope</span></a><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Biopython mailing list  -  <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
_________________________________
Dr. Markus Piotrowski
Privatdozent/Akademischer Rat
Lehrstuhl für Molekulargenetik und Physiologie der Pflanzen
ND 3/49
Universitätsstr. 150
44801 Bochum

Tel. xx49-(0)234-3224290
Fax. xx49-(0)234-3214187

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ruhr-uni-bochum.de/pflaphy/Seiten_dt/PG_Piotrowski_d.html">http://www.ruhr-uni-bochum.de/pflaphy/Seiten_dt/PG_Piotrowski_d.html</a>
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