
<html>


<head>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">


<style>body{font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px}</style>


</head>


<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;">


<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">


Just in time for the Biopython update!  \o/</div>


<p class="airmail_on">On June 27, 2018 at 4:08:01 PM, Peter Cock (<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>) wrote:</p>


<blockquote type="cite" class="clean_bq"><span>


<div>


<div></div>


<div>Dear Biopythoneers, <br>


<br>


I'm writing this in Portland at the GCC BOSC 2018 conference, where I <br>


will present the Biopython Project Update 2018 talk tomorrow. <br>


Yesterday during my airport layover in Iceland, I published the <br>


Biopython 1.72 release to our website and PyPI: <br>


<br>


https://biopython.org/wiki/Download <br>


https://pypi.python.org/pypi/biopython/1.72 <br>


<br>


This release of Biopython supports Python 2.7, 3.4, 3.5 and 3.6. It <br>


has also been tested on PyPy2.7 v6.0.0 and PyPy3.5 v6.0.0. <br>


<br>


Internal changes to Bio.SeqIO have sped up the SeqRecord .format <br>


method and SeqIO.write (especially when used in a for loop). <br>


<br>


The MAF alignment indexing in Bio.AlignIO.MafIO has been updated to <br>


use inclusive end co-ordindates to better handle searches at end <br>


points. This will require you to rebuild any existing MAF index files. <br>


<br>


In this release more of our code is now explicitly available under <br>


either our original "Biopython License Agreement", or the very similar <br>


but more commonly used "3-Clause BSD License". See the LICENSE.rst <br>


file for more details. <br>


<br>


The Entrez module now supports the NCBI API key. Also you can now set <br>


a custom directory for DTD and XSD files. This allows Entrez to be <br>


used in environments like AWS Lambda, which restricts write access to <br>


specific directories. Improved support for parsing NCBI Entrez XML <br>


files that use XSD schemas. <br>


<br>


Internal changes to our C code mean that NumPy is no longer required <br>


at compile time - only at run time (and only for those modules which <br>


use NumPy). <br>


<br>


Seq, UnknownSeq, MutableSeq and derived classes now support integer <br>


multiplication methods, matching native Python string methods. <br>


<br>


A translate method has been added to Bio.SeqFeature that will extract <br>


a feature and translate it using the codon_start and transl_table <br>


qualifiers of the feature if they are present. <br>


<br>


Bio.SearchIO is no longer considered experimental, and so it does not <br>


raise warnings anymore when imported. <br>


<br>


A new pairwise sequence aligner is available in Bio.Align, as an <br>


alternative to the existing pairwise sequence aligner in <br>


Bio.pairwise2. <br>


<br>


Many thanks to the Biopython developers and community for making this <br>


release possible, especially the following contributors: <br>


<br>


Benjamin Vaisvil (first contribution) <br>


Blaise Li <br>


Chad Parmet <br>


Chris Rands <br>


Connor T. Skennerton <br>


Francesco Gastaldello <br>


Michiel de Hoon <br>


Pamela Russell (first contribution) <br>


Peter Cock <br>


Spencer Bliven <br>


Wibowo 'Bow' Arindrarto <br>


<br>


Thank you all. <br>


<br>


Peter <br>


<br>


P.S. You can follow @Biopython on Twitter <br>


<br>


-- <br>


<br>


Checksums for interest/public record: <br>


<br>


$ shasum -a 256 biopython-1.72* <br>


<br>


abc14a111ed89332c902d239f516cc9ab84ab4458b577c61208dc4c20b74dc83 <br>


biopython-1.72-cp27-cp27m-macosx_10_6_intel.macosx_10_9_intel.macosx_10_9_x86_64.macosx_10_10_intel.macosx_10_10_x86_64.whl


<br>


<br>


3e8c85d4a3295be598a9e9616adeed8a4f81bd0452326aaea7bf81cca468f7c1 <br>


biopython-1.72-cp27-cp27m-manylinux1_i686.whl <br>


<br>


f1b4abd90d0c84ab2c5dab704da1d397cf75ee41f72619a1802479c3768ac347 <br>


biopython-1.72-cp27-cp27m-manylinux1_x86_64.whl <br>


<br>


b426a2d858414bed0c25fca155fdf27485347ce6f69805db65b8b36ec00a0f41 <br>


biopython-1.72-cp27-cp27mu-manylinux1_i686.whl <br>


<br>


71762c193ffc9a1b936dfaa2d456fb172856f0952090483ee4a84635a1aa6fe3 <br>


biopython-1.72-cp27-cp27mu-manylinux1_x86_64.whl <br>


<br>


57a449709df7a47980360ecbd2f195effc56e9b0253fa0e74fb00b10b44778e0 <br>


biopython-1.72-cp27-cp27m-win32.whl <br>


<br>


3d3deb59c3f5d04d41aec443db4e89dbbdd0bb7749078f91e797935849c8db48 <br>


biopython-1.72-cp27-cp27m-win_amd64.whl <br>


<br>


b76241a55a1ba832c2768733fb113eef1fdfa1d738aa1f84fcdd4ba0b6432394 <br>


biopython-1.72-cp34-cp34m-macosx_10_6_intel.macosx_10_9_intel.macosx_10_9_x86_64.macosx_10_10_intel.macosx_10_10_x86_64.whl


<br>


<br>


ad2c72c289561d51f6f7a9ae977e9cd54cd48b575b946421f82ede1ac24198cb <br>


biopython-1.72-cp34-cp34m-manylinux1_i686.whl <br>


<br>


3a199d469465c4f3c4c238f688d07b9bce4f504be73dead6cdf5d36a47728fcd <br>


biopython-1.72-cp34-cp34m-manylinux1_x86_64.whl <br>


<br>


16a99e2462ee5acb6962f3a1d344336db58d7b87acf9d5023beb3efe6ebb47a8 <br>


biopython-1.72-cp34-cp34m-win32.whl <br>


<br>


defd163110d698ea534e470995c68c519bd56e4e23043ae9dd8b646f2a803e5b <br>


biopython-1.72-cp34-cp34m-win_amd64.whl <br>


<br>


5882ba8fb87cbbe36d9e5d87c9b8f3139d503fe7da1023b472760a8122e579e6 <br>


biopython-1.72-cp35-cp35m-macosx_10_6_intel.macosx_10_9_intel.macosx_10_9_x86_64.macosx_10_10_intel.macosx_10_10_x86_64.whl


<br>


<br>


99faabef8c563bf5a9ed80ea677a5fd9edab5c06405a08fe44fb0f5bd4f6af38 <br>


biopython-1.72-cp35-cp35m-manylinux1_i686.whl <br>


<br>


539a475c263b68cd1ae3624648090bf1a5d853ec967d450e4cb991e63f72cb05 <br>


biopython-1.72-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl <br>


<br>


874a3c30bf7287e003e3668b55bd73a243edb85f4249826cff54b6fe3740483a <br>


biopython-1.72-cp35-cp35m-win32.whl <br>


<br>


db3517d654c2ca81c57b2e4e5340650b55055eb3985e5732c5ec668cf70143f1 <br>


biopython-1.72-cp35-cp35m-win_amd64.whl <br>


<br>


2fbfe0f2d7b731b638c41466987cf00e36e08502b3db2b2d72beb9cbb79097e3 <br>


biopython-1.72-cp36-cp36m-macosx_10_6_intel.macosx_10_9_intel.macosx_10_9_x86_64.macosx_10_10_intel.macosx_10_10_x86_64.whl


<br>


<br>


6d8e56e46cccc38fb8ac026e70f700528f0d5e6f264d03f9c348fb81dd7e65b6 <br>


biopython-1.72-cp36-cp36m-manylinux1_i686.whl <br>


<br>


6d27eb0fda18f2f70661bcd498f2aa0148ce56953aac094c35d8a12fb8261482 <br>


biopython-1.72-cp36-cp36m-manylinux1_x86_64.whl <br>


<br>


d3c7ba7b0ffb3dd5132093d4fb21782daccc0e41358e5887676c455e1ae841c9 <br>


biopython-1.72-cp36-cp36m-win32.whl <br>


<br>


5e0b830ff270b16abf1f050a8bf4732c9f2da29d27fdd2be9aeab76b6d087919 <br>


biopython-1.72-cp36-cp36m-win_amd64.whl <br>


<br>


ab6b492443adb90c66267b3d24d602ae69a93c68f4b9f135ba01cb06d36ce5a2 <br>


biopython-1.72.tar.gz <br>


<br>


08e1d6b43d974efc3578a5e8eebe6c118b03feea21b96d964c7e461c5cf53c18 <br>


biopython-1.72.zip <br>


<br>


<br>


<br>


$ md5sum biopython-1.72* <br>


<br>


661d50514eaa8151192b2127f52a8f5e <br>


biopython-1.72-cp27-cp27m-macosx_10_6_intel.macosx_10_9_intel.macosx_10_9_x86_64.macosx_10_10_intel.macosx_10_10_x86_64.whl


<br>


<br>


a66e12a83c44ee50f01888129658eba0 biopython-1.72-cp27-cp27m-manylinux1_i686.whl <br>


<br>


d7eb8003d855b3b425e2d7b5062d390a <br>


biopython-1.72-cp27-cp27m-manylinux1_x86_64.whl <br>


<br>


13b4e63a2a4c97e3fefa5360425f5199 biopython-1.72-cp27-cp27mu-manylinux1_i686.whl <br>


<br>


a5a418d1c4b6a2e58ccb73bafdc60a3e <br>


biopython-1.72-cp27-cp27mu-manylinux1_x86_64.whl <br>


<br>


e6ca44a18b5fc65e7ca4267f877fd9cc biopython-1.72-cp27-cp27m-win32.whl <br>


<br>


4978d56508b002591e7b6c931c5d54f4 biopython-1.72-cp27-cp27m-win_amd64.whl <br>


<br>


eed950f7b23a3c42682f3f635a135e57 <br>


biopython-1.72-cp34-cp34m-macosx_10_6_intel.macosx_10_9_intel.macosx_10_9_x86_64.macosx_10_10_intel.macosx_10_10_x86_64.whl


<br>


<br>


50e8fc0e63ca3ad524ea8c5d237ed6b1 biopython-1.72-cp34-cp34m-manylinux1_i686.whl <br>


<br>


d20e9cfa98ee8991b7008f64a44f6130 <br>


biopython-1.72-cp34-cp34m-manylinux1_x86_64.whl <br>


<br>


1ea11554a42996491c847ae0cf36de97 biopython-1.72-cp34-cp34m-win32.whl <br>


<br>


848d5d53c3a6c60d9e94528e6cc35087 biopython-1.72-cp34-cp34m-win_amd64.whl <br>


<br>


bde20eb5d6abdaa6479113dc96690603 <br>


biopython-1.72-cp35-cp35m-macosx_10_6_intel.macosx_10_9_intel.macosx_10_9_x86_64.macosx_10_10_intel.macosx_10_10_x86_64.whl


<br>


<br>


75b83b673997dbae8a8fe1a6fa15d3e3 biopython-1.72-cp35-cp35m-manylinux1_i686.whl <br>


<br>


b883f5439353885224789b9e25107661 <br>


biopython-1.72-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl <br>


<br>


d76442d3fc18de8953936a6c5ef5a79f biopython-1.72-cp35-cp35m-win32.whl <br>


<br>


f043fa59e3fbd5d505599474aaed74b5 biopython-1.72-cp35-cp35m-win_amd64.whl <br>


<br>


dab6b61605938b75eef18fa9cae944da <br>


biopython-1.72-cp36-cp36m-macosx_10_6_intel.macosx_10_9_intel.macosx_10_9_x86_64.macosx_10_10_intel.macosx_10_10_x86_64.whl


<br>


<br>


49fd975593798f0d7a293ebe327f800e biopython-1.72-cp36-cp36m-manylinux1_i686.whl <br>


<br>


8259fbf571b15dc05f0405b5e99394ce <br>


biopython-1.72-cp36-cp36m-manylinux1_x86_64.whl <br>


<br>


4e0d4de83b89d632a5dad9ee417306f2 biopython-1.72-cp36-cp36m-win32.whl <br>


<br>


acdf4e57da4fc90bf7c52c76c2bf4182 biopython-1.72-cp36-cp36m-win_amd64.whl <br>


<br>


418fecc41f75353fde30de73586900ac biopython-1.72.tar.gz <br>


<br>


e1db4737caf6bd2f7443f7e3c986ebbb biopython-1.72.zip <br>


_______________________________________________ <br>


Biopython mailing list - Biopython@mailman.open-bio.org <br>


http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython <br>


</div>


</div>


</span></blockquote>


</body>


</html>